玩转基因组浏览器之展示bed文件

bed文件用于记录染色体区域信息，最基本的一个bed文件示例如下

bed格式非常的灵活，可以有多个变种，比如转录本结构可以用bed12格式来记录，peak calling的结果可以用bed6+4来记录。常见的bed相关的格式有以下几种

1. bed
2. narrowpeak
3. broadpeak
4. bigbed

其中，narrowpeak和broadpeak常用于存储peak calling的结果，分别为bed6+4和bed6+3格式，即分别为10列和9列，bigbed是二进制的bed文件。

对于bigbed格式，可以通过UCSC提供的小工具来进行格式转换，用法如下

1. bed to bigbed

sort -k1,1 -k2,2n input.bed > sort.bed
bedToBigBed  sort.bed hg19.chrom.sizes out.bigbed

2. bigbed to bed

bigBedToBed input.bigBed out.bed

上述bed格式都可以导入IGV进行查看，结果示意如下

bed文件中的每一行为一个染色体区域，对应图中蓝色的矩形区域。当bed文件的第四列提供了名称时，在矩形区域的下方会显示对应的标识符，而且可以根据标识符进行检索，示意如下

bed文件可以作为一个特征标识符， 来快速查找感兴趣的基因组区域，最经典的应用场景就是将peak calling的bed文件和对应样本的tdf文件同时导入IGV, 然后快速查看peak区域的测序深度分布情况。