玩转基因组浏览器之展示RNA_seq中的基因表达量

CNV类似，IGV也可以以热图的形式展示基因表达量的数据，要求表达量文件的格式为gct, 示意如下

该文件是\t分隔的纯文本文件，第一行内容总是为#1.2, 表示版本，第二行表示表达量矩阵的维度，第一个值对应探针探针个数，第二个数值代表样本个数，第三行是表达量矩阵的表头，前两列固定是NAME和Description, NAME是探针ID,必须保证唯一，Description表示描述信息，如果没有，可以用na填充，后面每列对应一个样本。

IGV会根据Description的内容将探针映射到基因组区域，有以下两种写法

na |@RABGGTA| na |@chr6:1950428-1950681|

第一种写法映射到基因，第二种写法映射到染色体区域，如果有多个区域的话，可以用逗号链接。GCT文件导入IGV之后，示意如下

每个样本对应一个track, 根据表达量数值大小，颜色从蓝色过滤到红色，当然也可以通过菜单栏的View->Color Legends修改对应的图例