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玩转基因组浏览器之展示RNA_seq中的基因表达量

CNV类似,IGV也可以以热图的形式展示基因表达量的数据,要求表达量文件的格式为gct, 示意如下

该文件是\t分隔的纯文本文件,第一行内容总是为#1.2, 表示版本,第二行表示表达量矩阵的维度,第一个值对应探针探针个数,第二个数值代表样本个数,第三行是表达量矩阵的表头,前两列固定是NAMEDescription, NAME是探针ID,必须保证唯一,Description表示描述信息,如果没有,可以用na填充,后面每列对应一个样本。

IGV会根据Description的内容将探针映射到基因组区域,有以下两种写法

na |@RABGGTA| na |@chr6:1950428-1950681|

第一种写法映射到基因,第二种写法映射到染色体区域,如果有多个区域的话,可以用逗号链接。GCT文件导入IGV之后,示意如下

每个样本对应一个track, 根据表达量数值大小,颜色从蓝色过滤到红色,当然也可以通过菜单栏的View->Color Legends修改对应的图例

本文分享自微信公众号 - 生信修炼手册(shengxinxiulian),作者:lzyg

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原始发表时间:2020-03-20

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