玩转基因组浏览器之展示RNA二级结构

除了展示GTF, bed等常规格式的基因结构信息，IGV还可以展示RNA的二级结构，在下面这篇文章中，就是通过IGV的这一功能来直观的展示RNA二级结构

https://rnajournal.cshlp.org/content/23/7/1012.full.pdf

上图就是一个IGV的截图，其中的曲线展示的就是RNA的二级结构，一个典型的RNA二级结构示意如下

其中既有相互配对的碱基，也有单独的，未配对的碱基，形成了颈环结构。对于RNA二级结构的表示，有以下多种格式

1. DB(dot bracket)

用配对的圆括号来表示配对碱基，未配对的碱基用点号或者冒号来表示，而可能存在配对的碱基则用其他符号，比如{}, <>, []来表示，示意如下

导入IGV时， 该格式对应的后缀为db。

2. CT(connectivity table)

软件RNAstructure所使用的文件格式，内容示意如下

第一行表示该RNA的碱基数目以及名字，其他行表示每个位置的碱基，第一列为碱基的下标N，第二列为具体的碱基符号，第三列和第四列分别为N-1和N+1, 第五列为与该碱基配对的碱基总数，第六列的值没有实际含义，和第一列保持相同即可。

除了上述两种结构外，IGV还支持其他的一些格式，详细内容请查看以下链接

http://software.broadinstitute.org/software/igv/RNAsecStructure

以db格式为例，导入IGV之后，会首先转换为IGV标准的bp格式，示意如下

选择RNA所在的染色体名字，然后IGV会自动进行转化，导入之后，显示如下

右键可以调整曲线的颜色，方向等设置，这种方式有个缺点，就是只能统一设置颜色，无法单独进行调整，而通过bp格式则可以完美解决这个问题，一个bp格式的文件内容如下

首先是以colors开头的header部分，每一行指定不同的颜色，采用RGB编码，对应后面的3个数值，取值范围0到255， 最后的文字是可选的，看做label， 剩余的行在表示配对碱基所在的位置，最后一类的数值表示的是对应颜色的下标，从0开始计数。比如上述文件中，开头定义了两种颜色，分别用Low和High进行标识，下标分别为0和1，在配对碱基的行中，就用0和1来指定不同的颜色。

导入之后，显示如下

通过IGV, 可以灵活的展示RNA二级结构。