玩转基因组浏览器之利用IGV查找motif结合位点

motif在基因组上结合位点的查找是生信分析中的一项基本技能，在转录因子的chip_seq, m6A_seq等落雨都有广泛应用，之前也写了很多的文章来介绍motif

• 关于motif你需要知道的事
• 详解motif的PFM矩阵
• 详解motif的PWM矩阵
• 使用WebLogo可视化motif
• 使用seqLogo可视化motif
• 使用ggseqlogo可视化motif
• MEME:motif分析的综合性工具
• 使用MEME挖掘序列中的de novo motif
• 使用DREME挖掘序列中的de novo motif
• 使用MEME-ChIP挖掘序列中的de novo motif

本文以最近非常火热的RNA甲基化测序m6A_seq为例，来展示下IGV的motif结合位点查找功能， 众所周知，m6A修饰位点的motif序列为RRACH, 通过peak calling我们可以识别到包含m6A修饰位点的peak区域，更进一步，我们需要预测在peak区域中发生了甲基化修饰的A碱基，通过motif查找功能，可以帮助我们确定候选位点。

首先从GEO数据库随机下载了一批m6A的peak calling结果，链接如下

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE140557

给到的格式是narrowpeak, 保存的是peak calling的结果。首先将这些文件导入IGV，然后通过菜单栏的Tools->Find Motif功能，打开如下所示的输入框

输入待查找motif的一致性序列，点击ok之后，在基因组浏览器中会多出两个track

1. RRACH
2. RRACH Negative

在基因组的正负链分别查找潜在的motif结合位点，示意如下