表观转录组学-m6A简介
DNA甲基化作为重要的表观遗传学标记，研究的非常广泛。与DNA相对应，在RNA水平也存在着多种化学修饰，已经发现的就有100种以上，在编码和非编码RNA上都存在。常见的几种mRNA上的化学修饰如下图所示
上图来自以下文献
Epitranscriptome sequencing technologies: decoding RNA modifications https://www.nature.com/articles/nmeth.4110
m6A是其中最常见，数量最多的一种转录后修饰，不仅在mRNA上存在，在tRNA, rRNA, lncRNA上也都存在，只不过研究最多的是mRNA上的m6A。m6A这个名字来源于发生甲基化修饰的位置
腺苷酸第6位的N上发生了甲基化修饰，即N6-methyladenosine, 简称m6A。随着m6A的大热，科学家们对其生物学过程和功能已经有了一个基本的认知和了解， 图示如下
上图来自以下文献
A Review in Research Progress Concerning m6A Methylation and Immunoregulation https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fimmu.2019.00922/full
作为一个可逆的生物学过程，相关的酶有以下3类
1. Writers
RNA甲基化转移酶，由多种蛋白亚基构成的复合物，识别靶标RNA，使其发生m6A修饰，已经明确的亚基包括METTL3， METTL14， WTAP等。
2. Erasers
去甲基化酶，识别已经发生了m6修饰的位点，将其还原为正常的腺苷酸，实现m6A的可逆， 已经识别的去甲基化酶包括FTO和ALKBH5。
3. Readers
与发生了m6A修饰的位点相结合，构成复合体，介导其实现功能，最经典的Readers蛋白为YTH蛋白家族，包括YTHDF1, YTHDF2等等。不同的Reads介导m6A位点发挥不同的下游功能, 包括RNA的转运，mRNA稳定性，可变剪切等多种过程。
研究转录组m6A修饰有多种技术，示意如下
图a表示m6A-seq, 和chip_seq类似的技术，用抗体富集发生了m6A修饰的fragment, 然后和input样本相比较，通过peak calling识别发生了m6A修饰的区域, 该技术通量高，但是分辨率不够，只能够定位到m6A修饰位点附近200nt左右的区域，无法达到单碱基的分辨率；图b表示PA-m6A-seq, 加入4SU加强交联，同时将T碱基变成U碱基，用365nm紫外线进行交联，解交联之后，酶切成20-30nt的片段，通过序列比对可以识别m6A位点附近30nt左右的区域，提高了分辨率，进一步查看30nt窗口内的碱基序列，可以精确定位发生m6A修饰的位点, 该技术只能检测与4SU操作位点附近的m6A, 距离远的位点无法检测到；图c表示miCLIP, 是PA-m6A-seq的加强版， 客服了距离限制， 在保证单碱基分辨率的基础上可以识别到更多的m6A位点；图d表示m6A-LAIC-seq, 加入内参ERCC,可以对基因的m6A修饰水平进行定量。
目前, m6A-seq仍然是最常见的研究m6A修饰的技术，分析内容包括数据质控，比对基因组，peak calling, peak基因注释，差异peak分析，motif预测等等，大部分分析内容和chip_seq, atac_seq是重叠的，只不过针对RNA序列，会有一些特有的软件，后续文章中会详细介绍。