tRNAscan-SE:预测基因组上的tRNA基因

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tRNAscan是一款tRNA预测工具，支持不同类型基因组的tRNA预测，包括以下四种类型

1. eukaryotic tRNAs
2. bacterial tRNAs
3. archaeal tRNAs
4. mitochondrial tRNAs

官网链接如下

http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/index.html

官网提供了在线服务，如下图所示，只需要输入fasta 格式的序列，选择对应的物种类型和其他的一些选项，点击运行按钮即可

输出结果分为以下几个部分

1. 预测的tRNA基因列表

表头解释如下： Sequence Name : 输入的用于预测tRNA的序列名称 tRNA : 预测到的tRNA的个数 Predicted tRNA Structure : 预测到的tRNA二级结构 Similar tRNA in GtRNAdb ： 在GtRNAdb 数据库中的相似的tRNA tRNA Begin : tRNA基因的起始位置 tRNA End : tRNA 基因的终止位置 tRNA Type : tRNA 的类型，该tRNA转运的氨基酸的类型 Anticodon : 反义密码子 Intro Begin : 内含子的起始位置 Intro End : 内含子的终止位置

2. tRNA 类型

tRNAscan-SE 会根据反义密码子和 Isotype Model 两种方法预测tRNA的类型，对于每个tRNA, 分别给出反义密码子和 Isotype Model 预测的结果，以及两种结果预测的一致性，其中isotype model 会对每一种氨基酸进行打分，选得分最高的作为最终的结果

3. tRNA 二级结构

Str 代表的就是二级结构，其中每个< 和每个 > 是配对的，代表在二级结构中这两个碱基是连在一起的。

4. 命令行程序

也可以下载软件到本地运行，安装过程如下：

wget http://trna.ucsc.edu/software/trnascan-se-2.0.0.tar.gz
tar xzvf trnascan-se-2.0.0.tar.gz
cd tRNAscan-SE-2.0/
./configure --prefix=$(pwd)
make

编译成功后，需要设置如下的环境变量

export PERL5LIB=/soft/tRNAscan-SE-2.0/lib:$PERL5LIB

另外，该软件依赖infernal，需要将infernal的可执行程序拷贝到bin目录下

wget http://eddylab.org/infernal/infernal-1.1.2-linux-intel-gcc.tar.gz
tar xzvf infernal-1.1.2-linux-intel-gcc.tar.gz
cp infernal-1.1.2-linux-intel-gcc/binaries/*  bin

为了确保程序的正确运行，需要编辑tRNAscan-SE.conf文件，修改以下配置

bin_dir: /soft/tRNAscan-SE-2.0/bin
lib_dir: /soft/tRNAscan-SE-2.0/lib/
infernal_dir: {bin_dir}

上述操作执行完之后，软件才能够顺利运行。