RNAmmer:预测基因组上的核糖体RNA

核糖体RNA, 缩写为rRNA, 是细胞内含量最多的一类RNA, 能够与蛋白质结合形成核糖体，完成氨基酸的合成。rRNA分子量较大，通常利用沉降系数来区分不同类别的rRNA，沉降系数越大，分子量越大。

在原核生物中，包含以下3种类型的rRNA

1. 5S
2. 16S
3. 23S

在真核生物中，包含以下4种类型的rRNA

1. 5S
2. 5.8S
3. 18S
4. 28S

RNAmmer能够预测基因组序列上的rRNA，官网如下

http://www.cbs.dtu.dk/services/RNAmmer/

该软件支持以上所有类型的rRNA的预测，在官网上，提供了在线服务，只需要输入fasta格式的序列，然后选择物种类别，就可以预测了，最大允许上传1M大小的fasta序列。

输出结果如下

1. rRNA在基因组上的位置

采用GFF的格式，输出rRNA基因的染色体，起始和终止位置，正负链信息，还包括了rRNA的类型。

2. rRNA 序列

GFF格式只是记录了基因组上的位置，除此之外，还提供了rRNA的序列，可供下载。

对于大学等科研结构，可以免费下载该软件。本地版软件的用法如下

rnammer -S bac -m lsu,ssu,tsu -xml ecoli.xml -gff ecoli.gff -h ecoli.hmmreport < ecoli.fsa

-S参数指定物种类型，arc代表古菌，bac代表细菌，euk代表真核生物；-xml指定XML格式的输出结果；-gff指定GFF格式的输出结果;-h指定html格式的输出结果。

需要注意的是，本地版的rnammer依赖hmmer2.0版本。可执行文件rnammer 是一个perl脚本，需要编辑这个脚本，设置rnammer和hmmsearch的路径。