GtRNAdb:tRNA数据库简介

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GtRNAdb收录了不同物种的tRNA序列信息，这些tRNA都是通过tRNAscan-SE 2.0软件预测得到，官网如下

http://gtrnadb.ucsc.edu/

最新版本收录了超过4300个物种的tRNA序列，详细统计信息如下

通过该网站，我们可以检索物种对应的tRNA结果，也可以进行BLAST比对。

1. 检索功能

支持通过物种进行检索，根据进化关系，筛选感兴趣的物种，链接如下

http://gtrnadb.ucsc.edu/browse.html

点击三角符号展开，然后筛选相应的次级分类即可。以hg38为例，检索结果链接如下

http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/eukaryota/Hsapi38/

通过左侧的菜单栏，可以详细查看对应的信息。通过FASTA Seqs菜单，可以下载tRNA序列。

2. blast 比对功能

通过比对tRNA数据库，确定输入序列类型，链接如下

http://gtrnadb.ucsc.edu/blast.html

需要注意的是，在某些物种中，存在由tRNA衍生出来的重复序列，这些序列一级结构与tRNA非常接近，所以在tRNAscan-SE的预测结果中，会存在部分假阳性结果。GtRNAdb利用特定算法，对tRNAscan-SE直接预测的结果进行了一个过滤，降低了假阳性率。

对于数据库中已知的物种，建议直接利用数据库中的序列就好；对于数据库中没有的物种，再直接用tRNAscan-SE 进行预测。