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tRNAdb:综合序列和二级结构的tRNA数据库

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tRNAdb 收录了来自577个物种的12000个tRNA基因和来自104个物种的623条tRNA序列,除了基本的序列信息外,还提供了二级结构的数据。

官网链接如下

http://trna.bioinf.uni-leipzig.de/DataOutput/

官网提供了两种检索数据的方式,第一种是物种的进化树浏览器,第二种是条件检索框。

1. 进化树浏览器

tRNAdb提供了进化树的浏览方式,点击+展开次级分类,从而查找某个具体的物种。

2. 条件检索框

提供了多种条件检索方式,可以按照基因/序列进行筛选,也可以按照转运的氨基酸类型,甚至是按照二级结构检索,示意图如下

检索结果示意图如下

检索结果中给出了物种和转运的氨基酸类型等基本信息,其中序列信息以二级结构不同区域进行了划分。tRNA的二级结构是一个三叶草的形状, 示意图如下

在tRNAdb中,将二级结构划分成了以下几个区域

  1. Acc-stem 氨基酸接受茎
  2. D-stem D茎
  3. D-loop D环
  4. Ac-stem 反密码茎
  5. Ac-loop 反密码环
  6. V-region 可变臂
  7. T-stem T茎
  8. T-loop T环
  9. CCA 默端用于连接氨基酸的CCA

点击眼睛图标可以查看某个tRNA二级结构,示意图如下

在检索结果页面底部,可以下载选中的tRNA序列

本文分享自微信公众号 - 生信修炼手册(shengxinxiulian),作者:lzyg

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2018-08-13

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