首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
社区首页 >专栏 >FastTree:速度最快的最大似然法进化树构建软件

FastTree:速度最快的最大似然法进化树构建软件

作者头像
生信修炼手册
发布2020-05-08 16:37:05
11.9K0
发布2020-05-08 16:37:05
举报
文章被收录于专栏:生信修炼手册生信修炼手册

欢迎关注”生信修炼手册”!

FastTree 是基于最大似然法构建进化树的软件,它最大的特点就是运行速度快,支持几百万条序列的建树任务。官方的说法是,对于大的比对数据集,FastTree 比phyml或者RAxML 快100到1000倍。官网如下

http://www.microbesonline.org/fasttree/

FastTree 支持核酸和蛋白的进化树构建,对于核酸,可选的替换模型包括以下几种

  1. JC
  2. GTR

默认的模型为JC。

对于蛋白质,可选的替换模型包括以下几种

  1. JTT
  2. LG
  3. WAG

默认的模型为JTT。

利用不同的测试数据集,比较了fastTree 不同替换模型和RAxML, PhyML 运行速度的差异。结果如下

对于蛋白序列而言,FastTree 的运行速度比其他两款软件快了1000多倍,而且对于几万条序列的比对,其他两款软件的运行时间太久,超过了可以忍受的范围;对于核酸序列而言,默认的JC模型的速度最快, GTR模型速度少稍差一筹,其他两款软件同样运行速度慢的不行。

FastTree 除了运行速度快之外,准确度也令人满意,比较的结果如下

对于几万条的核酸序列,只有FastTree, NJ, Clearcut 这3个软件有结果,而FastTree 的准确度是最高的,从此可以看出,对于几万条核酸序列的进化树分析,FastTree 是最佳选择之一;对于蛋白序列,在可以运行出结果的前提下,FastTree 的准确度相比RAxML, PhyML 都稍差一点。

综合运行速度和建树的准确性,FastTree 都是最佳的进化树构建软件之一。 我们可以直接从官网下载可执行文件

FastTree要求输入的多序列比对结果为FASTA或者Phylip格式,对于蛋白质的进化树构建,基本用法如下

FastTree protein.fasta > tree

也可以选择LG或者WAG替换模型,用法如下

FastTree -lg protein.fasta > tree
FastTree -wag protein.fasta > tree

对于核酸序列,基本用法如下

FastTree -nt nucleotide.fasta > tree

也可以选择GTR替换模型,用法如下

FastTree -nt  -gtr nucleotide.fasta > tree

默认生成的tree 文件是 Newick格式, 可以导入 figTree 或者 TreeViewer等软件中进行查看。

·end·

—如果喜欢,快分享给你的朋友们吧—

本文参与 腾讯云自媒体分享计划,分享自微信公众号。
原始发表:2018-08-29,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

本文分享自 生信修炼手册 微信公众号,前往查看

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

本文参与 腾讯云自媒体分享计划  ,欢迎热爱写作的你一起参与!

评论
登录后参与评论
0 条评论
热度
最新
推荐阅读
领券
问题归档专栏文章快讯文章归档关键词归档开发者手册归档开发者手册 Section 归档