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HPRD:human专属的PPI数据库

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HPRD全称Human Protein Reference Database, 是一个专门存储人类蛋白质相互作用信息的数据库,和其他同类数据库相比,该数据库中存储的蛋白质互作信息都是经过实验验证的,而且数量上有明显优势。该数据的网址如下

http://hprd.org/index_html

在文献中,对HPRD和其他数据库进行了比较,结果如下

图片A表示不同数据库中存储的人类蛋白质相互作用的数据,从柱状图上可以明显看到,HPRD的数据量最大,而且冗余的信息很少;图片B表示不同数据库中蛋白相互作用数量的分布,从图中可以看到,每个阶段都是HPRD最佳。

除了数据质量和数量上的优势,HPRD还提供了蛋白质的表达谱,分类,结构域,亚细胞定位,转录后修饰,通路等其他信息,该数据库最新版为release 9, 其中的信息统计如下

通过Query, 可以检索某个蛋白质的相关信息,示意如下

在检索结果页面,可以看到该蛋白质各种注释信息,示意如下

即包括分子量,序列等基本信息,也包括亚细胞定位,蛋白结构域,相互作用,GO注释等信息。

通过Browse功能,可以查看指定类别的蛋白质信息,示意如下

可以根据分子类别,转录后修饰,亚细胞定位,结构域等信息进行筛选和查看。

该数据库的信息是可以下载的,但是只是学术免费, 示意如下

对于蛋白质相互作用的信息,提供了TabXML两种格式供下载。

通过该数据库我们可以方便的查询某个蛋白的相互作用网络,但是对于多个蛋白间的相互作用网络,只能自己从下载的数据文件中处理得到。

·end·

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本文分享自微信公众号 - 生信修炼手册(shengxinxiulian),作者:lzyg

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原始发表时间:2018-10-24

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