miRNA命名规范

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miRNA的研究起步很早,最早发现的miRNA是线虫中的let-7 和lin-4,随着越来越多的miRNA被发现,为了方便学术交流,有科学家提出了一套统一的命名规范,对应的文献如下

A uniform system for microRNA annotation Ambros, Victor, et al. 3, 2003, RNA, Vol. 9, pp. 277-279

该文献中的规范主要用于为新发现的miRNA提供一个统一的名字,对于之前发现并在文献中给出名称的miRNA, 依然保留其原来的名称,比如hsa-let-7, 一个典型的成熟miRNA的名称如下所示

hsa-miR-1290

可以看做由-分隔的3个字段组成,第一个三字母缩写表示miRNA来源的物种,比如hsa代表human, mmu代表mouse;第二个字段为miR,代表成熟的miRNA;第三个字段位数字,代表miRNA发现的顺序。

对于miRNA前体, 只需要miR替换成mir就可以了,比如hsa-mir-1290; 对于来自同一个miRNA前体的两个成熟miRNA, 分别用-5p-3p的后缀表示,比如hsa-miR-12-5phsa-miR-12-3p

对于同源性非常高的两个miRNA, 用小写的英文字母a, b等进行区分,比如hsa-miR-5a, hsa-miR-5b; 对于由不同基因编产生的完全相同的miRNA,则用添加数字后缀的方式进行区分,比如hsa-miR-1290-1, hsa-miR-1290-2。 以上这些就是一个miRNA命名的基本规则。

miRBase数据库是miRNA研究最基本的参考数据库,在该数据库中,miRNA前体用mir加数字表示, 编号用MI 表示,如hsa-mir-122, 编号为MI00042;成熟miRNA采用miR加数字标识, 编号用MIMAT表示, 如hsa-miR-122-5p对应编号为MIMAT000421

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本文分享自微信公众号 - 生信修炼手册(shengxinxiulian),作者:lzyg

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原始发表时间:2018-11-28

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