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miRDB通过MirTarget这个软件预测了人,小鼠等多个物种的miRNA靶基因信息,并将其整理成了数据库,网址如下
http://www.mirdb.org/
该数据库中涵盖的物种如下
每个物种相关的miRNA和靶基因数量统计如下
除了提供软件预测的靶基因结果外,该数据库还做了一个文献整理的工作,将报导了miRNA前体或者成熟miRNA功能的相关文献收集整理,汇总形成了一个miRNA功能数据库,称之为FuncMir, 该数据库包含了人和小鼠这两个物种中的miRNA信息,示意如下
点击红色链接可以查看详细信息和相关的pubmed文献。 官网提供了两种检索功能
该功能一次只可以检索一个miRNA后者gene, 检索框如下所示
该功能用于一次检索多个miRNA或者gene,检索框如下所示
检索结果如下所示
结果会按照TarGetScore
进行排序,由于是软件预测的结果,score值越高,可信度也越高。通常认为score大于80的结果是相对可靠的,而低于60的话可信度就很差了。
该数据库提供了下载功能,可以方便的下载数据库中的所有信息,示意如下
miRDB本质上是一个软件预测的miRNA靶基因数据库,如果只看这一个数据库,结果的假阳性率会比较高,最好的做法是结合多个软件预测或者数据库的结果,类似miRWalk
数据库的思路,来弥补单一软件算法的不足之处。
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