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HMDD:miRNA相关疾病数据库

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HMDD是一个手工收集整理的miRNA与疾病相关联的数据库,最新版本为V3.0,网址如下

http://www.cuilab.cn/hmdd

共包含1102个miRNA基因,850种疾病,32281个miRNA与疾病的关联数据,对于每个miRNA与疾病之间的关联,都有对应的文献,会给出pubmed ID。

通过Browse功能,可以从miRNA和disease两个角度出发,查看该数据库中的内容

1. miRNA

hsa-let-7的结果示意如下

2. disease

Anemia疾病的结果示意如下

处理miRNA和疾病之间的关联,利用文献中的数据,还整理出了miRNA对应的靶基因数据,并提供了miRNA-target gene的网络图,既可以分析单个miRNA的调控网络,也支持某种疾病中的miRNA调控网络,示意如下

图例如下所示

蓝色节点代表gene, 其他颜色的节点代表miRNA, 绿色表示该miRNA在患病者中上调,红色代表下调,灰色代表不确定miRNA的表达趋势,红色连线代表负调控作用,绿色连线代表正调控作用。

该数据库的数据是可以免费下载的,通过该数据库,我们可以快速得到miRNA和疾病之间的关联。

·end·

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本文分享自微信公众号 - 生信修炼手册(shengxinxiulian),作者:lzyg

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原始发表时间:2018-12-08

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