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mir2disease:miRNA相关疾病数据库

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mir2disease是由哈尔滨工业大学开发的miRNA相关疾病数据库,网址如下

http://www.mir2disease.org/

该数据库包含了349个miRNA, 163种疾病,3273个miRNA与疾病之间的关联信息。

对于miRNA在疾病组织中的失调,给出了以下3种模型

  • miRNA位于致病的基因组位点,比如杂合性缺失LOH区域等,有研究发现,miR-15和miR-16位于13号染色体的13q14区域,在慢性淋巴B细胞白血病中,该染色体区域会缺失,导致这两个miRNA的表达量缺失或下调。
  • miRNA的异常由表观遗传引起,包括DNA甲基化与组蛋白修饰,有研究发现,let-7a-3基因的启动子区在正常组织中是高度甲基化的,在肺癌组织中低甲基化。启动子区的去甲基化导致具有致癌功能的let-7a-3在肺癌细胞中再度激活,表达量上调。
  • miRNA在疾病组织中的失调与相关酶的缺失有关系,有研究发现,miR-24和miR-93靶向调控病毒蛋白,在Dicer酶缺失的细胞中,由于宿主细胞miR-24和miR-93的缺失,导致VSV复制增加。

对于miRNA与疾病关联的每条记录,会给出miRNA ID, 疾病名称,检测方法,miRNA靶基因信息和对应的文献,和HMDD数据库的整体架构非常类似。

支持通过以下3种方式对数据库进行检索

miRNA ID为例,直接点击search按钮,会显示所有的miRNA, 然后勾选感兴趣,可有多选,然后在进行检索就可以了

检索结果示意如下

点击Detail可以查看详细信息,示意如下

该数据库是免费下载的,提供了miRNA靶基因,相关疾病等信息,示意如下

相比HMDD, 该数据库中收录的miRNA与疾病的关联信息会少一点,但是仍然是一个非常实用的数据库。

·end·

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本文分享自微信公众号 - 生信修炼手册(shengxinxiulian),作者:lzyg

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原始发表时间:2018-12-10

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