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KEGG Reaction 数据库

KEGG Reaction 是收录酶促反应相关信息的数据库,包含了所有代谢通路中的酶促反应和一些只在enzyme 数据库中有记录的酶促反应,每条记录用R Number 唯一标识。

R00259 的详细记录如下:

每个字段的含义如下:

Entry

R00259

Name

名称

Definition

定义

Equation

表达式

Reation Class

分类信息

Enzyme

酶促反应对应的酶

Pathway

包含该反应的通路

Module

对应的module 数据库的信息

Orthology

酶对应的KO信息

other DBs

第三方数据库

这里有一个Reaction Class 的概念,kegg 根据反应两边化学物质转换的模式将酶促反应进行了分类。这个转换的模式叫做RDM 模式,R 代表 Reaction center, D 代表 Difference atom, M 代表 Matched atom。

kegg 官网给出了如下的示意图:

在理解上面这幅图之前,我们必须了解kegg atom type 这个概念。 kegg 对C, N, O, P, S 这5种原子根据相连的基团进行了分类,这个分类就是atom type; 完整的latom type 详见以下链接

http://www.genome.jp/kegg/reaction/KCF.html

这里我列出了上面示意图中涉及到的相关条目

C1a

R-CH3

C1b

R-Ch2-R

C1c

R-CH(-R)-R

C5a

R-C(=O)-R

C6a

R-C(=O)-OH

N1a

R-NH2

N1b

R-NH-R

O5a

R-c(=O)-R

O6a

R-C(=0)-OH

R 代表对应的原子,比如C1a 中,R 代表C原子, N1a 中的R 代表N 原子。

R00259对应的酶促反应中,出现了C00025 转化成 C00624 的情况,这两种物质转换对应的RDM模型是怎么样的呢?

首先将物质的结构式转换成atom type 的表示模式,其实就是将分子中的每个C, N, O, P, S 用对应的atom type 表示,然后观察反应前后对应的R, D, M 分别是什么元素,就能得到对应的RDM模型。通过RDM 模型就能知道这个反应对应的Reaction Class。如何准确的判断两种物质转换对应的RDM模型,官网上也没有非常详细的说明,这里我们简单理解,知道是根据这个概念对应reaction 进行分类的就可以了。

总结

1.Reaction数据库记录了酶促反应的信息,每个反应用R Number 标识; 2.对于所有的酶促反应,kegg 通过RDM 模型对其进行了分类;

本文分享自微信公众号 - 生信修炼手册(shengxinxiulian),作者:庐州月光

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2018-03-03

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