KEGG Reaction 数据库
KEGG Reaction 是收录酶促反应相关信息的数据库，包含了所有代谢通路中的酶促反应和一些只在enzyme 数据库中有记录的酶促反应，每条记录用R Number 唯一标识。
R00259 的详细记录如下：
每个字段的含义如下：
Entry | R00259 |
|---|---|
Name | 名称 |
Definition | 定义 |
Equation | 表达式 |
Reation Class | 分类信息 |
Enzyme | 酶促反应对应的酶 |
Pathway | 包含该反应的通路 |
Module | 对应的module 数据库的信息 |
Orthology | 酶对应的KO信息 |
other DBs | 第三方数据库 |
这里有一个Reaction Class 的概念，kegg 根据反应两边化学物质转换的模式将酶促反应进行了分类。这个转换的模式叫做RDM 模式，R 代表 Reaction center, D 代表 Difference atom, M 代表 Matched atom。
kegg 官网给出了如下的示意图：
在理解上面这幅图之前，我们必须了解kegg atom type 这个概念。 kegg 对C, N, O, P, S 这5种原子根据相连的基团进行了分类，这个分类就是atom type;
完整的latom type 详见以下链接
http://www.genome.jp/kegg/reaction/KCF.html
这里我列出了上面示意图中涉及到的相关条目
C1a | R-CH3 |
|---|---|
C1b | R-Ch2-R |
C1c | R-CH(-R)-R |
C5a | R-C(=O)-R |
C6a | R-C(=O)-OH |
N1a | R-NH2 |
N1b | R-NH-R |
O5a | R-c(=O)-R |
O6a | R-C(=0)-OH |
R 代表对应的原子，比如C1a 中，R 代表C原子， N1a 中的R 代表N 原子。
在R00259对应的酶促反应中，出现了C00025 转化成 C00624 的情况，这两种物质转换对应的RDM模型是怎么样的呢？
首先将物质的结构式转换成atom type 的表示模式，其实就是将分子中的每个C, N, O, P, S 用对应的atom type 表示，然后观察反应前后对应的R, D, M 分别是什么元素，就能得到对应的RDM模型。通过RDM 模型就能知道这个反应对应的Reaction Class。如何准确的判断两种物质转换对应的RDM模型，官网上也没有非常详细的说明，这里我们简单理解，知道是根据这个概念对应reaction 进行分类的就可以了。
总结
1.Reaction数据库记录了酶促反应的信息，每个反应用R Number 标识； 2.对于所有的酶促反应，kegg 通过RDM 模型对其进行了分类；