KEGG Network 数据库

kegg orthology 数据库是 kegg 的核心，利用基因在不同物种之间的保守性，使得我们可以在更高层次上解读基因功能。 pathway, brite, module 等数据库都是建立在KO 数据库的基础之上的，所以任何基因组的数据都可以映射到这些数据库中去。当然这种方法有其局限性，在一定程度上忽略了特定物种内基因的变异信息。

network 数据库针对human ，除了提供了基因的功能和相互作用以外，还把基因的变异信息包含进来，更进一步与疾病相关联。

上面是kegg 官网提供的示意图，KO 建立在不同物种的gene具有同源性的基础上，而pathway 利用KO注释信息，提供了跨物种的通路信息，而network 数据库从pathway数据库延伸而来，在pathway 的基础上，将基因的变异信息（包括SNP, 基因融合等结构变异现象和基因表达量的变化现象）也包括了进来，对于人类基因相关变异与疾病的研究，提供了更为细致的参考信息。

network 数据库中的每条记录叫做network element, 以N Number 唯一标识， 里面记录的是基因之间的相互作用的网络，由于network 来源于pathway 数据库，所以每条记录都会有对应的pathway信息，在这些通路图中，会将基因进行特殊标记，比如下图为 N0002对应的 hsa05220 通路

在上图中，粉色标记的方框为network 中记录的基因，而粉色方框中用红色显示的则是发生变异的基因；

对于N0002 这条记录来说

Defiinition 字段记录了基因间相互作用信息，其中的ABL基因发生了变异，产生了BCR-ABL 融合基因，导致出现了疾病。结合上面的通路图来一起理解，可以看到BCR-ABL 在通路图中是粉色方框，红色字体的标记方式，其他有记录的基因则是只有粉色方框的标记；

在network 中，将所有的记录分成3大类

1. reference, 这些network只是从pathway中提取出了基因的相互作用信息；
2. variant,在原本的基因相互作用的基础上，包含了基因的变异信息；
3. virus,在原本的基因相互作用的基础上，包含看病毒的入侵基因导致的相互作用的变化，

在下面的链接中，可以看到

http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_network?id=nt06201&cancer=1

第一列为对应的network 数据库中的记录；第二列各种颜色的小方块代表该network相关的疾病，不同疾病用不同的颜色标识；其他列为该network中记录的基因间相互作用，其中绿色代表的就是reference, 红色代表的是variant, 粉色代表的是virus。

我们可以看到reference network都没有相关的疾病信息，只有variant和virus 可以看到相关的疾病信息。

红色的链接可以关联到variant的详细信息，比如EGF* 代表的具体变异信息为1950v1, 代表了EGF基因的过表达；粉色的链接关联到KO数据库，提供了该基因功能的具体信息，比如vK1 是一种病毒的基因；

总结

1. network数据库专门针对human而言，从pathway数据库中提取出基因间相互作用，构建了相互作用的网络；
2. network数据库还将基因的变异，外源基因入侵和疾病信息相关联，在整个数据库中，可分成三个大类：reference network, 直接从pathway中提取的基因的相互作用; variant network , 包含了基因的变异信息，包括结构变异和表达量变异; virus network, 包含了入侵机体的病毒基因信息。对于variant和virus network, 还会给出相关的疾病信息；
3. network 还有相关的pathway通路图，在通路图中，将由记录的基因，用粉色方框高亮显示；