前往小程序,Get更优阅读体验!
立即前往
首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
社区首页 >专栏 >KEGG Glycan 数据库

KEGG Glycan 数据库

作者头像
生信修炼手册
发布2020-05-09 16:54:49
6750
发布2020-05-09 16:54:49
举报
文章被收录于专栏:生信修炼手册

复合糖作为糖类与蛋白质或者脂质结合的产物 ,在生物中分布广泛,具有重要的功能。GLYCAN 数据库收录了实验验证过的复合糖的信息,主要是结构信息。每条记录用G number 标识,比如 G00197

对于复合糖而言,搞清楚其结构只是最基础的研究,我们更加关注其在生命活动中的意义。kegg 将复合糖相关的基因,代谢途径, 疾病等信息关联在一起,通过pathway的形式进行展示。 在pathway 数据库中,有1个类别,专门用于描述复合糖的代谢通路信息,叫做 Glycan biosynthesis and metaboli,见下图

在这些pathway 中,主要展示的信息是复合糖的代谢途径,与基因的相互作用等信息,有部分图中还包含了复合糖对应的生物合成途径,或者降解途径,这部分信息成为 structure map。比如 map00510, 可以分成以下两部分:

  1. 代谢通路
  1. structure map

对于复合糖在癌症中的作用,专门有1个pathway 来记录这些信息

http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?hsa05205

糖基转移酶催化糖类与蛋白,脂质等物质的结合。 有关糖基转移酶的信息,在KO 数据库中进行了存储,比如下图,不仅给出了对应的基因,还给出了对应的enzyme EC 编号, CAzy 数据库的信息,而且还给出了参与的pathway 信息。

对于所有收录的糖基转移酶的分类,对应 brite 数据库中的链接如下

http://www.kegg.jp/kegg-bin/get_htext?ko01003.keg

总结

  1. Glycan 数据库收录了糖类物质的结构信息,并给出了糖类参数的各种代谢通路。
  2. 糖基转移酶,催化糖类与蛋白质,脂质等的结合,在KO数据库中给出了对应的信息。
本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划,分享自微信公众号。
原始发表:2018-03-09,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

本文分享自 生信修炼手册 微信公众号,前往查看

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划  ,欢迎热爱写作的你一起参与!

评论
登录后参与评论
0 条评论
热度
最新
推荐阅读
目录
  • 总结
相关产品与服务
数据库
云数据库为企业提供了完善的关系型数据库、非关系型数据库、分析型数据库和数据库生态工具。您可以通过产品选择和组合搭建,轻松实现高可靠、高可用性、高性能等数据库需求。云数据库服务也可大幅减少您的运维工作量,更专注于业务发展,让企业一站式享受数据上云及分布式架构的技术红利!
领券
问题归档专栏文章快讯文章归档关键词归档开发者手册归档开发者手册 Section 归档