KEGG API 用法详解下篇

本篇接着介绍下列 4种 api 的用法：

1. get
2. conv
3. link
4. 4.ddi

get

根据提供的kegg 标识符，返回特定的记录，多个标识符之间用+ 连接，一次最多允许10个标识符，格式如下

http://rest.kegg.jp/get/dbentries[/option] dbentries = KEGG database entries of the following database database = pathway | brite | module | ko | genome | org | vg | ag | compound | glycan | reaction | rclass | enzyme | network | variant | disease | drug | dgroup | environ | disease_ja | drug_ja | dgroup_ja | environ_ja | compound_ja option = aaseq | ntseq | mol | kcf | image | conf | kgml | json

共有两种用法

第一种用法，不带任何的option, 返回的结果和网页版的结果类似

示例：返回hsa:10458基因的信息

http://rest.kegg.jp/get/hsa:10458

ENTRY       10458             CDS       T01001
NAME        BAIAP2, BAP2, FLAF3, IRSP53
DEFINITION  (RefSeq) BAI1 associated protein 2
ORTHOLOGY   K05627  BAI1-associated protein 2
ORGANISM    hsa  Homo sapiens (human)
PATHWAY     hsa04520  Adherens junction
           hsa04810  Regulation of actin cytoskeleton
BRITE       KEGG Orthology (KO) [BR:hsa00001]
            Cellular Processes
             Cellular community - eukaryotes
              04520 Adherens junction
               10458 (BAIAP2)
             Cell motility
              04810 Regulation of actin cytoskeleton
               10458 (BAIAP2)
           Membrane trafficking [BR:hsa04131]
            Endocytosis
             Bin/Amphiphysin/Rvs (BAR) family proteins
              I-BAR proteins
               10458 (BAIAP2)
POSITION    17q25.3
...

第二种用法，后面加上options 操作，需要注意的是，特定的数据库有特定的option。

对于gene 数据库而言，支持 aaseq 和 ntseq, 返回基因的序列 示例：返回基因的核酸序列

http://rest.kegg.jp/get/hsa:10458/ntseq

>hsa:10458 K05627 BAI1-associated protein 2 | (RefSeq) BAIAP2, BAP2, FLAF3, IRSP53; BAI1 associated protein 2 (N)
atgtctctgtctcgctcagaggagatgcaccggctcacggaaaatgtctataagaccatc
atggagcagttcaaccctagcctccggaacttcatcgccatggggaagaattacgagaag
gcactggcaggtgtgacgtatgcagccaaaggctactttgacgccctggtgaagatgggg
gagctggccagcgagagccagggctccaaagaactcggagacgttctcttccagatggct
gaagtccacaggcagatccagaatcagctggaagaaatgctgaagtcttttcacaacgag
ctgcttacgcagctggagcagaaggtggagctgga

对于pathway 数据库而言，支持 image ， conf， kgml ，但是一次只允许查询1条记录 示例： 返回hsa05130的通路图

http://rest.kegg.jp/get/hsa05130/image

对于 compound, glycan, drus 数据库，支持 images , mcol, kcf 操作，对于images , 一次只允许返回一条记录

示例 : 返回 C00002的结构示意图

http://rest.kegg.jp/get/C00002/image

conv

转换kegg 的ID 和其他数据库的ID 第一种格式，所有记录之间的转换

http://rest.kegg.jp/conv/target_db/source_db (target_db source_db) = (kegg_db outside_db) | (outside_db kegg_db) For gene identifiers: kegg_d> = org org = KEGG organism code or T number outside_d> = ncbi-geneid | ncbi-proteinid | uniprot For chemical substance identifiers: kegg_db = compound | glycan | drug outside_db = pubchem | chebi

示例： human的ncbi entrez ID 和 kegg 的ID 进行转换

http://rest.kegg.jp/conv/hsa/ncbi-geneid

ncbi-geneid:1    hsa:1
ncbi-geneid:10    hsa:10
ncbi-geneid:100    hsa:100
ncbi-geneid:1000    hsa:1000
ncbi-geneid:100008587    hsa:100008587
ncbi-geneid:100008588    hsa:100008588
ncbi-geneid:100008589    hsa:100008589
ncbi-geneid:100009667    hsa:100009667
ncbi-geneid:100009676    hsa:100009676

第二种格式， 某几条记录之间的转换，格式和第一种相同，只不过每次返回几条记录之间的对应关系，多条记录用+ 连接，1次最多允许10条记录

示例，查询hsa:10458和 ece:Z5100 两个基因对应的 ncbi protein id

http://rest.kegg.jp/conv/ncbi-proteinid/hsa:10458+ece:Z5100

hsa:10458    ncbi-proteinid:NP_059345
ece:Z5100    ncbi-proteinid:AAG58814

link

检索两个数据库之间的关联，共有两种用法

第一种，两个数据库之间的关联

http://rest.kegg.jp/link/target_db/source_db target_db = database source_db = database database = pathway | brite | module | ko | genome | org | vg | ag | compound | glycan | reaction | rclass | enzyme | network | variant | disease | drug | dgroup | environ | atc | jtc | ndc | yj | pubmed

示例：human 基因和pathway 之间的对应关系

http://rest.kegg.jp/link/pathway/hsa

hsa:10327    path:hsa00010
hsa:124    path:hsa00010
hsa:125    path:hsa00010
hsa:126    path:hsa00010
hsa:127    path:hsa00010
hsa:128    path:hsa00010
hsa:130    path:hsa00010

第二种，查询某几条记录在两个数据库之间的关联

示例：查询hsa:10458和ece:Z5100 两个基因对应的pathway 信息

http://rest.kegg.jp/link/pathway/hsa:10458+ece:Z5100

hsa:10458 path:hsa04520
hsa:10458 path:hsa04810
ece:Z5100 path:ece05130

ddi

查找药物之间的相互作用关系 , URL 格式如下

http://rest.kegg.jp/ddi/dbentry dbentry = Single entry of the following database database = drug | ndc | yj 可以提供1个药物的ID, 也可以一次提供多个，多个ID 用 + 连接

示例 ： 查询和D005664 这种药物存在相互作用的记录

http://rest.kegg.jp/ddi/D00564

dr:D00564    cpd:C00304    P    unclassified
dr:D00564    cpd:C01946    P    unclassified
dr:D00564    cpd:C04931    P    unclassified
dr:D00564    cpd:C05849    P    unclassified

总结：

kegg API 允许我们方便的获取各种资源，最大的好处是我们可以通过程序批量下载，比如批量下载一个物种所有的pathway通路图或者kgml 文件。API的用法也很简单，关键是我们要理解返回的数据有什么意义，比如 kgml 文件中记录了哪些信息，conf 文件中的数字代表了什么，后续我会详细介绍这些东西，通过kgml ,conf , 可以实现很多有意思的功能。