color pathway 使用指南 : 在通路图中标记基因

对于通路分析结果的可视化而言，最常用的展现方式就是在通路中高亮显示富集到的基因。kegg 提供了在Color Pathway 在线服务，可以方便的完成这一任务。

网址如下：

http://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway3.html

这个工具使用比较简单，分为4步：

1. 在Select KEGG pathway map 输入框中输入想要标记的pathway ID ;
2. 在Enter data中输入需要标记的基因和对应的信息，或者通过选择文件按钮，上传对应的文件；
3. 在Option中选择和上一步输入的文件格式相匹配的操作；
4. 点击Exec按钮，提交任务；

从上面的截图可以看出，这个工具提供了3种标记方式 ，下面我们以hsa05200这条通路为例，看下实际用法

用指定颜色标记基因

输入文件的格式如下： 第一列为需要标记的基因或者KO，其他列为对应的前景色和背景色，背景色简单理解就是方框的填充色，前景色就是边框和文字的颜色。 每一列之间用\t分隔，指定颜色的时候，可以有两种写法，第一种写法一列只有一个颜色，代表该颜色为背景色， 比如1630 blue；第二种写法一列有两种颜色，两种颜色用逗号,连接，则第一种颜色为背景色，第二种颜色为前景色，比如1630 blue,red。指定颜色时，可以用常用的颜色名称，也可以是十六进制的代码，注意必须要有#开头的注释行，为每一列指定一个名称，这个名称是可以自己定义的。

示例：

#hsa    highlight
1630    blue,red
836    blue
842    #00cc33
26060    #ff3366
999    #3366ff

标记的效果图如下：

用基因表达量标记基因

当使用基因表达量时，需要指定一个颜色范围，将数值映射到该颜色范围中去，适合展示表达量上的渐变关系。

输入文件一共两列，第一列为基因ID,第二列为基因的表达量（当然，这里的表达量可以是任何的数值，只要是你想要表示的数据即可，比如基因的长度，folg change 数值都可以），也是必须有#开头的表头

示例

#hsa count
hsa:25 678
hsa:861 26
hsa:867 13

标记的效果图如下

采用barplot 的形式表示基因

输入文件格式和第二种方法完全相同，最后会输出一个网页，将数值的转换为柱子的高度， 示意图如下：

总结

1. 通过color pathway, 我们可以有多种方式在通路图中标记我们的基因，可以直接指定颜色，也可以将表达量等数值信息映射到图中。
2. 对于每种输入格式，必须要有#开头的注释行。
3. color pathway 一次只可以标记1张通路图，不适合大规模的标记。