专栏首页生信修炼手册color pathway 使用指南 : 在通路图中标记基因

color pathway 使用指南 : 在通路图中标记基因

对于通路分析结果的可视化而言,最常用的展现方式就是在通路中高亮显示富集到的基因。kegg 提供了在Color Pathway 在线服务,可以方便的完成这一任务。

网址如下:

http://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway3.html

这个工具使用比较简单,分为4步:

  1. Select KEGG pathway map 输入框中输入想要标记的pathway ID ;
  2. Enter data中输入需要标记的基因和对应的信息,或者通过选择文件按钮,上传对应的文件;
  3. Option中选择和上一步输入的文件格式相匹配的操作;
  4. 点击Exec按钮,提交任务;

从上面的截图可以看出,这个工具提供了3种标记方式 ,下面我们以hsa05200这条通路为例,看下实际用法

用指定颜色标记基因

输入文件的格式如下: 第一列为需要标记的基因或者KO,其他列为对应的前景色和背景色,背景色简单理解就是方框的填充色,前景色就是边框和文字的颜色。 每一列之间用\t分隔,指定颜色的时候,可以有两种写法,第一种写法一列只有一个颜色,代表该颜色为背景色, 比如1630 blue;第二种写法一列有两种颜色,两种颜色用逗号,连接,则第一种颜色为背景色,第二种颜色为前景色,比如1630 blue,red。指定颜色时,可以用常用的颜色名称,也可以是十六进制的代码,注意必须要有#开头的注释行,为每一列指定一个名称,这个名称是可以自己定义的。

示例:

#hsa    highlight
1630    blue,red
836    blue
842    #00cc33
26060    #ff3366
999    #3366ff

标记的效果图如下:

用基因表达量标记基因

当使用基因表达量时,需要指定一个颜色范围,将数值映射到该颜色范围中去,适合展示表达量上的渐变关系。

输入文件一共两列,第一列为基因ID,第二列为基因的表达量(当然,这里的表达量可以是任何的数值,只要是你想要表示的数据即可,比如基因的长度,folg change 数值都可以),也是必须有#开头的表头

示例

#hsa count
hsa:25 678
hsa:861 26
hsa:867 13

标记的效果图如下

采用barplot 的形式表示基因

输入文件格式和第二种方法完全相同,最后会输出一个网页,将数值的转换为柱子的高度, 示意图如下:

总结

  1. 通过color pathway, 我们可以有多种方式在通路图中标记我们的基因,可以直接指定颜色,也可以将表达量等数值信息映射到图中。
  2. 对于每种输入格式,必须要有#开头的注释行。
  3. color pathway 一次只可以标记1张通路图,不适合大规模的标记。

本文分享自微信公众号 - 生信修炼手册(shengxinxiulian),作者:庐州月光

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2018-03-13

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