PathVisio : wiki pathway 通路图可视化工具

PathVisio 是一款免费开源的pathway 可视化工具，通过这个软件我们不仅可以创建并编辑通路图，甚至还可以进行富集分析。

软件的官网如下

https://www.pathvisio.org/

下载和安装

这款软件是java语言开发i的GUI 图形界面工具，官网提供了两种下载方式：

选择 Binary Installation 进行下载，由于该软件用java 程序开发，必须保证在电脑上安装了java 运行环境 （JRE）， 下载之后解压缩，然后双击 pathvisio.bat 文件 就可以启动该软件。

初始界面如下：

编辑通路图

我们从wikipathway 下载的gpml 通路文件，可以直接导入这个软件中。以 WP554 这个通路为例

https://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP554

从上面的链接下载该通路的gpml 文件，然后依次点击 File -> Import , 导入该文件，导入成功后，就可以看到通路图了。图中的每个元素，都是可以编辑的。

对于元素之间的连线，鼠标单击可以拖动；对于方框中的元素，单击选中之后，可以改变其大小，并移动其位置，双击会弹出编辑框，编辑节点上标注的label 信息。

不仅可以编辑原有的元素，还可以通过如下所示的工具栏中的选项，插入新的元素，具体的用法就不展开了。

对于编辑好的通路图，可以选择 File -> Export 进行导出，可以导出为图片，支持PDF， PNG，SVG， TIFF 4 种格式，也可以另存为gpml 等文件格式。

检索基因相关的通路信息

在右侧的面板上，有个Search 功能，可以查询基因对应的通路信息

首先需要一个用于检索的数据库，就是一个文件夹，这个文件夹下是所有pathway的gpml文件，可以从wikipathway 的官网得到。然后输入需要检索的基因名称，提供了Symbol 和 ID 两种格式。通过 Search 功能，可以方便的查询基因相关的通路信息。

这个软件还可以安装插件，使其功能更加强大。

总结

1. PathwayVisio 是一款针对wiki pathway通路的可视化工具。通过这个软件，我们不仅可以从gpml文件得到对应的通路图，还可以对通路图进行编辑和修改；
2. 通过Search功能，可以方便的查询基因相关的通路信息；
3. 这个软件还有很多插件，将功能扩展的更加强大，值得我们去探索；