circos 中的pattern是做什么用的

在官网提供的配置文件示例中，经常会见到pattern这个参数。这个参数的作用和fill_color类似，都用于指定填充的样式，只不过fill_color使用颜色进行填充，pattern则用点和线进行填充。

在hisograms, heatmap，links这3种block 中，可以使用pattern参数，指定填充的样式，用法如下：

pattern = checker

pattern参数的取值范围包括以下9种：

1. solid
2. hline
3. hline-sparse
4. vline
5. vline-sparse
6. checker
7. checker-sparse
8. dot
9. dot-sparse

在软件的安装目录下的etc/patterns.conf中，保存了pattern的配置信息

在tiles目录下，可以找到每种样式对应的图片。根据名字，可以把分成以下5大类别

1. solid

2. hlines

hlines :

hlines-sparse :

3. vlines

vlines :

vline-sparse:

4. checker

checkers :

checkers-sparse:

5. dots

dots :

dots-sparse :

solid代表完全填充，hlines代表水平线填充，vlines代表竖线填充，checker代表格子填充，dots代表用点填充；加上sparse后缀，相比不加后缀时，会稀疏一点。

pattern默认的样式都是白底黑字，可以结合color属性来改变其颜色。有以下两种写法：

1. 指定一个具体的颜色

示例

color = red pattern = hlines

此时白色的背景依然不会变，但是默认的黑色的字体会替换成红色

2. 指定替换的模式

示例

color = white:red,black:orange

冒号分隔的两个颜色代表替换的意思，white:red表示将默认的白色背景替换成红色，black:orange代表将黑色替换成橙色。

结合pattern和color, 可以使得填充更加的多元化。看一个例子

对应的配置文件为

<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>
<<include ideogram.conf>>
<<include ticks.conf>>
karyotype = data/karyotype/karyotype.human.txt
<image>
<<include etc/image.conf>>
</image>
chromosomes_units           = 1000000
chromosomes_display_default = yes
<links>
<link>
file   = data/8/15/links.txt
ribbon = yes
flat   = yes
radius        = 0.95r
bezier_radius = 0r
crest         = 0.2
<rules>
<rule>
condition  = rand() < 0.5
pattern    = eval((qw(hline vline checker dot))[rand(4)])
color      = black:dblue,white:vlblue
z          = 10
</rule>
<rule>
condition  = rand() < 0.5
pattern    = eval((qw(hline vline checker dot))[rand(4)])
z          = 5
</rule>
</rules>
</link>
</links>
<<include etc/housekeeping.conf>>