circos tableviewer 展示表格数据

circos中丰富多样的参数，允许我们更加的展示数据。高度定制化的同时，也意味着学习成本的提高。从原始数据的整理，到可视化参数的调整，都必须做到了如指掌，才能得心应手的使用circos。 为了方便使用，circos官网提供了一系列有用的脚本，封装成了circos tools工具包。

下载页面如下

http://circos.ca/software/download/tools

解压缩之后，目录结构如下

├── binlinks
├── bundlelinks
├── calcdatarange
├── categoryviewer
├── clustal2link
├── colorinterpolate
├── connectogram
├── convertlinks
├── filterlinks
├── maketutorialimages
├── matrix
├── orderchr
├── randomdata
├── randomlinks
├── resample
└── tableviewer

每个文件夹对应一个小工具，本篇着重介绍tableviewer这个小工具。

tableview提供了对表格数据的可视化功能，由以下3个脚本构成

1. make-table
2. make-conf
3. parse-table

1. make-table

make-table 随机生成一个表格数据, 用法如下

make-table -rows 4 -col 3 -brief > table.txt

生成的表格如下

2. parse-table

parse-table读取表格数据，然后计算相关信息

parse-table -file table.txt > parsed-table.txt

3. make-conf

make-conf 读取parse-table的输出，生成对应的数据，用法如下

make-conf -file parsed-table.txt -dir data

在data目录中，会生成一系列的数据和配置文件。需要注意的是，data目录必须事先建立好。

├── all.txt
├── cap.col.txt
├── cap.row.txt
├── cells.txt
├── colors.conf
├── colors_percentile.conf
├── col.txt
├── karyotype.txt
├── row.txt
├── scaling.conf
└── segmentlabel.txt

从上面列表可以看出，并没有关键的circos.conf文件。这个文件存放在tableviewer/etc目录下，而且该目录下的其他配置文件也是必须的 ，所以在运行时，需要特别注意。

我的做法是将etc目录拷贝到生成的data的上层目录，然后在新建一个img目录，最终的目录结构如下

├── data
├── etc
└── img

data目录下存放make-conf生成的文件，etc目录下存放tableviewer/etc目录下的内容，img是新建目录，用于存放最终生成的图片。

目录结构建好之后，运行如下命令即可

circos -conf etc/circos.conf

生成的图片如下

每行和每列的标签都作为一条染色体，染色体的长度由每行或每列的和决定，每条染色体对应一种颜色。结合之前生成的table再来看下，table共有4行3列，从A到G, 对应的图中就有A到G共7条染色体。

图中提供了两圈的ticks, 第一圈为绝对值，比如B染色体对应的刻度有0和100；第二圈为百分比，每条染色体都标记了0到100%。

在染色体之外有两圈highlights, 二者的内容是一样的 ，只不过为了美观，宽度稍有不同。展示的都是每行或者每列数据的组成， 对于每一行来说，都有3列，所以有3种颜色；对于每一列来说，都有4行，所以有4种颜色；每种颜色所占的区域沿着顺时针方向，从小到大。

在染色体内部，还有一圈highlights, 对于所有的行来说，都有E, F, G 3列，所以都有3种颜色，顺序都是一样的，按照每列的和，沿顺时针方向从小到大，从染色体长度可以看出来，从小到大依次为F, G，E; 对于所有的列而言，也是类似的，都有A,B,C，D 4行，所以有4种颜色，按照每行的和，沿顺时针方向从小到大，从染色体长度可以看出来，从小到大依次为B, C, D，A。

最内圈的links展示了单元格的数据，每个单元格可以看做对应的行和列相连的区域，示意图如下：

通过tableviewer 这个小工具，可以方便的展示表格数据，而且其中的思想也特别值得我们借鉴。

从图上，我们可以直观的看出每行或每列的构成。传统的可视化手段，为了直观看出各部分的百分比，通常采用饼状图的展现形式，对于一张表格而言，需要行数加上列数张的饼图，才能完整的展示其构成，而用circos, 一张图就可以搞定了。