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HLA Dictionary-Allel和抗原之间的对应关系

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生信修炼手册
发布2020-05-11 10:07:42
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发布2020-05-11 10:07:42
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HLA Dictionary , 中文名叫做HLA 字典,记录了HLA-A, -B, -C, -DRB1/3/4/5 和 -DQB1 等HLA基因的不同Allel 对应的血清学分析鉴定的抗原。

最新版本于2008年发布,共包含了832个HLA Allel对应的血清学抗原信息,其中, I 型HLA 基因有685条记录,II 型HLA 基因有147条记录。该文件以PDF的形式保存,链接如下

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/pdf/10.1111/j.1399-0039.2008.01183.x

在该文件中,除了专家团队定义的抗原名字外,还包括了世界卫生组织WHO和国际细胞交换组织UCLA等其他机构定义的名称,示意如下

在IMGT/HLA 数据库中,提供了检索HLA Dictionary 的功能,网址如下

https://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/dictionary.html

用法也非常简单,在输入框中输入需要检索的记录,然后点击右边的按钮检索即可

支持三种格式的数据

  1. HLA Allel
  2. Expert Assigned Type
  3. WHO Assigned Type

以HLA Allel为例,输入数据A*01:01, 检索结果如下

由于结果列数较多,可以勾选对应的列,来展示感兴趣的列。

在HLA分型结果中,除了提供HLA Allel之外,有时还需要提供对应抗原的信息,就可以通过这个方法得到。

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原始发表:2018-07-14,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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