在circos
中,通过ticks
block来添加刻度线。刻度线和我们的比例尺是一样的,需要有一个最小单位。
通过chromosomes_units
定义最小单位,用法如下
chromosomes_units = 1000000
之后的刻度线都基于该最小单位进行定义。对于刻度线,有两个全局参数控制其显示方式
show_ticks = yes
表示显示刻度线show_tick_labels = yes
表示显示刻度线上的标签对于刻度线而言,可以由多个不同标准的刻度组成,和厘米,毫米的概念差不多,可以每5M标记一个刻度线,也可以每10M标记一个刻度线。对于每一种规格的刻度线,通过tick
这个block 定义。看下面这个例子
首先是两个全局参数,表明显示刻度线。接下来就是ticks
模块。上图中的ticks
由两个tick
构成。
关于刻度线的相关参数,可以分成一下两大类别
radius
表示刻度线显示的位置,用法radius = 0.8r
;spacing
指定刻度线之间的间隔,比如 spacing = 5u
, 表示每5个单位标记一个刻度线color = grey
thickness = 2p
size = 5p
show_label = yes
表示显示标签label_size = 5p
label_offset = 10p
multiplier
定义了label和实际刻度之间的比例,公式为tick_label = tick_value * multiplier
, 实际标记的label需要在原来的基础上乘以multiplier
。multiplier = 1 / 1u
, 表示1:1的比例,实际5u的地方就标记5;
multiplier = 10 / 1u
, 表示10:1的比例,实际5u的地方就标记50。spacing = 0.1u
的情况下,在10M-11M 之间会有10.1, 10.2 这样的刻度,当添加了mod = 1u
时,10.1 除以1,余数为0.1, 所以10.1 对应的 label 变成了0.1;suffix = Mb
,这样每个label 最后都会再加上Mb
prefix = +
, 这样每个label 前面都会在加上+
sprintf
函数的用法相同