Circos 软件的安装详解

circos 是一款perl 语言开发的画图软件，提供了染色体相关数据的一种可视化方式。其制作的图表精美，被科研工作者广泛使用。

官网如下：

http://circos.ca/

首先看下安装过程，官网上提供了3种压缩包

1. 软件源代码压缩包
2. 使用手册的压缩包
3. 相关工具的压缩包

软件源代码是我们安装过程中需要用到的，使用手册是官网提供的为了帮助我们学习使用circos而开发的包，相关工具是一些circos的脚手架，也可以称为扩展工具。

在下图中，circos-0.69.6.tgz就是源代码的安装包，circos-tutotials-9.67.tgz就是使用手册的安装包, circos-tools-0.22.tgz就是相关工具的压缩包。

http://circos.ca/software/download/

安装时,我们只需要使用源代码的安装包就可以了。由于是使用perl 语言开发的，所以不需要编译。只需要下载解压缩即可，具体过程如下：

wget http://circos.ca/distribution/circos-0.69-6.tgz tar xzf circos-0.69-6.tgz cd circos-0.69

解压缩之后就可以了。安装好之后，可以用自带的例子测试一下

cd circos-0.69/example/ ../bin/circos -conf etc/circos.conf

运行成功之后，会在当前目录生成circos.png和circos.svg两张图片

如果上述图片正常生成了，说明circos安装成功，可以使用了。

如果没有正常生成，说明缺少一些模块。下面命令可以查看依赖的perl 模块是否都安装成功了，缺少哪个模块，安装哪个模块就可以了。

circos -modules ok 1.38 Carp ok 0.39 Clone ok 2.63 Config::General ok 3.3 Cwd

circos的命令非常简单，只需要提供一个配置文件circos.conf就行了，程序会根据配置文件，自动读取数据和相关配置，然后生成图片。学习circos的过程，实际上就是理解conf配置文件中，每项配置的含义和作用。

用于测试的这个配置文件是用于炫技的，充分展示了circcos 的强大，但是并不适用于circos的学习。在官网还很贴心的提供了circos-tutotials-9.67.tgz包，这个包中提供了大量的配置文件的示例，由浅入深将circos的所有功能进行展示，在学习的过程中，直接看这个包里的内容就可以了。

官网还提供了一个更加详尽的教程，网址如下

http://circos.ca/tutorials/lessons