专栏首页生信修炼手册MethHC: 整合了癌症相关的甲基化与基因表达谱数据的数据库

MethHC: 整合了癌症相关的甲基化与基因表达谱数据的数据库

MethHC数据库中,提供了18种癌症相关的DNA甲基化,microRNA表达谱和基因表达谱的数据,这里的数据来源于TCGA数据库。同时采用线性回归的方法计算甲基化和表达谱数据之间的关联。

整个数据库包含的数据汇总如下:

相比其他的甲基化数据库,Meth有以下两个特点:

  1. 数据来源于TCGA,同时包含了甲基化和基因表达谱以及microRNA表达谱的数据;
  2. 将基因划分为8个区域,甲基化位点划分为5个区域,针对单个区域计算甲基化和表达谱数据之间的相关性

基因和甲基化区域的划分方式如下所示:

和其他数据库比较的结果

Browse Top 250中,以单个基因为单位,查看该基因在癌症中的甲基化情况和表达量的情况

对于甲基化数据,其表达量采用beta值来衡量;对于基因表达谱数据,定量方式为RPKM;对于microRNA的表达谱,采用RPM定量方式;通过泊松相关系数计算甲基化数据和表达谱数据之间的相关性。

SPDYE1为例,给出所有基因区域和甲基化区域的结果

对于每个区域,会给出以下三个结果

甲基化数据和表达谱数据表达量的相关性分析

甲基化数据和表达谱数据差异倍数的相关性分析

TCGA数据库中记录的基因的甲基化和RNA_seq 数据详细情况

MethHC还提供了基因检索Gene Search的功能,可以按照两种方式进行筛选

基因列表

KEGG通路

通过MethHC数据库,我们可以查看基因已有的甲基化和表达谱研究结果,也可以根据癌症类型,查看研究的较多的热点基因。

本文分享自微信公众号 - 生信修炼手册(shengxinxiulian),作者:庐州月光

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2018-04-18

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