ChAMP R包安装中的事故

ChAMP 包提供了完整的分析illumina甲基化芯片的pipeline, 和普通的Bioconductor 包的安装一样，代码只有简单的两行

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("ChAMP")

我用的电脑是windows 操作系统，64位的R-3.4.3，安装过程中除了网速较慢，花费一点时间安装之外，并没有出现任何的问题。在加载的时候，却发生了如下的错误

错误: package or namespace load failed for 'ChAMP' in inDL(x, as.logical(local), as.logical(now), ...):
无法载入共享目标对象‘D:/work/R-3.4.3/library/mvtnorm/libs/x64/mvtnorm.dll’：:
 `已达到了DLL数目的上限...

错误信息的意思很明显，达到了dll 文件的上限。那么默认的上限是多少呢？

google了好久，终于找到了解决方案。dll 文件就是windows操作系统下的动态链接库，在加载R包的过程中，如果这个R包有对应的动态链接库，那么就会加载进来。默认情况下最多允许加载100个动态链接库，当你需要加载的动态链接库超过了100时，就会出现上面的报错信息。

解决方案就是设置环境变量R_MAX_NUM_DLLS, 不管是什么操作系统，R语言对应的环境变量都可以在.Renviron文件中进行设置。

这个文件可以保存在任意目录下，文件中就一句话，内容如下

R_MAX_NUM_DLLS=500

500表示允许的最多的dll文件数目，设置好之后，重新启动R, 然后输入如下命令

normalizePath("d:/Documents/.Renviron", mustWork = FALSE)

第一个参数为.Renviron文件的真实路径，然后在加载ChAMP包就可以了

>> Package version 2.9.9 loaded <<
      ___ _      _   __  __ ___
     / __| |_   /_\ |  \/  | _ \
    | (__| ' \ / _ \| |\/| |  _/
     \___|_||_/_/ \_\_|  |_|_|  
     ------------------------------

出现上述的欢迎界面，就代表加载成功了。

ChAMP的功能确实是更加的强大和完整，同时也意味它的依赖包会特别的多，从而出现dll文件达到上限的错误。本文记录的解决方案，适合于任何操作系统，希望可以帮助到大家。