首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
社区首页 >专栏 >Mendel errors对家系分型数据进行过滤

Mendel errors对家系分型数据进行过滤

作者头像
生信修炼手册
发布2020-05-11 14:01:44
1.1K0
发布2020-05-11 14:01:44
举报
文章被收录于专栏:生信修炼手册生信修炼手册

Mendek errors 称为孟德尔误差,在遗传学上,当一个个体的allel不可能从双亲获得时,可以称这个allel为孟德尔误差。

示意图如下 :

Mendel error 可能的原因有以下3种:

  1. 基因分型错误 不论时父本分型错误,还是子代分型错误,都可能导致allel不符合遗传规律的情况
  2. 父母信息不正确 该个体的父母信息搞错了,所以分型结果对应不上
  3. de novo 突变 子代发生了新突变

在分析家系遗传病相关的SNP位点时,Mendel error 通常作为SNP位点过滤的一种手段。

在plink 中,在读取家系分型数据时,会通过Mendel error过滤样本和SNP位点,用法如下

plink --file mydata --me 0.05 0.1

--me参数指定的就是mendel error 的阈值,第一个参数0.05用于过滤样本,如果某个样本中有5%以上的mendel error SNP位点,则去除该样本;第二个参数对SNP位点进行过滤,如果该SNP位点所有样本的分型结果中,有超过10%的mendel error, 则去除该样本。

需要注意的是,只有在分析家系相关遗传病时,才会进行这个过滤。因为de novo 突变不可能与遗传病相关。

本文参与 腾讯云自媒体分享计划,分享自微信公众号。
原始发表:2018-07-01,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

本文分享自 生信修炼手册 微信公众号,前往查看

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

本文参与 腾讯云自媒体分享计划  ,欢迎热爱写作的你一起参与!

评论
登录后参与评论
0 条评论
热度
最新
推荐阅读
领券
问题归档专栏文章快讯文章归档关键词归档开发者手册归档开发者手册 Section 归档