Mendek errors 称为孟德尔误差,在遗传学上,当一个个体的allel不可能从双亲获得时,可以称这个allel为孟德尔误差。
示意图如下 :
Mendel error 可能的原因有以下3种:
在分析家系遗传病相关的SNP位点时,Mendel error 通常作为SNP位点过滤的一种手段。
在plink 中,在读取家系分型数据时,会通过Mendel error过滤样本和SNP位点,用法如下
plink --file mydata --me 0.05 0.1
--me
参数指定的就是mendel error 的阈值,第一个参数0.05用于过滤样本,如果某个样本中有5%以上的mendel error SNP位点,则去除该样本;第二个参数对SNP位点进行过滤,如果该SNP位点所有样本的分型结果中,有超过10%的mendel error, 则去除该样本。
需要注意的是,只有在分析家系相关遗传病时,才会进行这个过滤。因为de novo 突变不可能与遗传病相关。