bcftools学习笔记(二)
本篇主要介绍annotate, concat, merge, isec, stats这五个命令。
1. annotate
annotate命令有两个用途，第一个是用于注释VCF文件，用法如下
bcftools annotate -a db.vcf -c ID,QUAL,+TAG view.vcf -o annotate.vcf-a参数指定注释用的数据库文件，格式可以是VCF, BED, 或者是\t分隔的自定义文件。在\t分隔的自定义文件中，必须包含CHROM, POS字段；-c参数指定将数据库的哪些信息添加到输出文件中。
第二个用途是编辑VCF文件，比如去除其中的某些注释信息，或者去除某些样本，用法如下
bcftools annotate -x ID,INFO/DP,FORMAT/DP view.vcf -o remove.id.vcf-x参数表示去除VCF文件中的注释信息，可以是其中的某一列，比如ID, 也可以是某些字段，比如INFO/DP，多个字段的信息用逗号分隔；去除之后，这些信息所在的列并不会去除，而是用.填充。
2. concat
concat命令可以将多个VCF文件合并为一个VCF文件，要求输入的VCF文件必须是排序之后的，如果包含多个样本的信息，样本的顺序也必须一致。经典的应用场景包括合并不同染色体上的VCF文件，合并SNP和INDEL 两种类型的VCF文件，用法如下
bcftools concat merge.2.a.vcf.gz merge.3.a.vcf.gz -o -o merge.vcf还需要注意一点，输入的VCF文件必须是经过bgzip压缩的文件。
3. merge
merge命令也是用于合并VCF文件，主要用于将单个样本的VCF文件合并成一个多个样本的VCF文件。用法如下
bcftools merge merge.a.vcf.gz merge.b.vcf.gz -o merge.vcf该命令要求输入文件必须是经过bgzip压缩的文件， 而且还需要有.tbi的索引。
4. isec
isec用于在多个VCF文件之间取交集，差集，并集等操作，经典的应用场景是对多种软件的SNP calling 结果进行venn 分析。用法如下
bcftools isec A.vcf.gz B.vcf.gz -p dir默认参数就是取交集，更多高级用法请参考帮助文档。
5. stats
stats命令用于统计VCF文件的基本信息，比如突变位点的总数，不同类型突变位点的个数等。用法如下
bcftools stats view.vcf > view.stats输出文件中记录了很多类型的统计数据，重点介绍以下几种
基本信息：
SN 0 number of samples: 3
SN 0 number of records: 15
SN 0 number of no-ALTs: 1
SN 0 number of SNPs: 11
SN 0 number of MNPs: 0
SN 0 number of indels: 3
SN 0 number of others: 0
SN 0 number of multiallelic sites: 1
SN 0 number of multiallelic SNP sites: 0颠换和转换的比例：
# TSTV, transitions/transversions:
# TSTV [2]id [3]ts [4]tv [5]ts/tv [6]ts (1st ALT) [7]tv (1st ALT) [8]ts/tv (1st ALT)
TSTV 0 8 3 2.67 8 3 2.67Indel 长度分布:
# IDD, InDel distribution:
# IDD [2]id [3]length (deletions negative) [4]count
IDD 0 -2 1
IDD 0 1 2
IDD 0 3 1碱基替换类型：
# ST, Substitution types:
# ST [2]id [3]type [4]count
ST 0 A>C 0
ST 0 A>G 0
ST 0 A>T 0
ST 0 C>A 1
ST 0 C>G 0
ST 0 C>T 4
ST 0 G>A 1
ST 0 G>C 1
ST 0 G>T 1
ST 0 T>A 0
ST 0 T>C 3
ST 0 T>G 0输出文件可以用于plot-vcfstats命令，进行可视化, 这个脚本位于bcftools安装目录的misc目录下。用法如下
plot-vcfstats view.stats -p output-p参数指定输出结果的目录，这个脚本依赖latex 生成pdf 文件，所以系统上的latext 一定要安装好。
输出目录下文件很多，详细列表如下
├── counts_by_af.indels.dat
├── counts_by_af.snps.dat
├── depth.0.dat
├── depth.0.pdf
├── depth.0.png
├── indels.0.dat
├── indels.0.pdf
├── indels.0.png
├── plot.py
├── plot-vcfstats.log
├── substitutions.0.pdf
├── substitutions.0.png
├── summary.aux
├── summary.log
├── summary.pdf
├── summary.tex
├── tstv_by_af.0.dat
└── tstv_by_qual.0.dat主要看summary.pdf文件就可以了，该文件包含了很多信息
1.不同类型的突变位点汇总
2.插入缺失长度分布图
3.测序深度分布
4.碱基转换类型分布
