专栏首页生信技能树我想知道这个热图里面的约百个基因是什么

我想知道这个热图里面的约百个基因是什么

日常刷文献,看到一个热图,非常长!如下:

也不知道为什么,也许纯粹是突然奇想吧,出一个习题给学徒,拿到这个热图里面的基因名字。我给出3个提示,看看大家属于哪一种人!

首先,是可以使用图片识别软件,把这个热图上传到图像识别网站,应该是可以拿到基因列表,当然了,肯定会有识别的错误率,毕竟 1,I,l 就很难区分,嘻嘻

或者人工手打这些基因名字,计算机图像识别没办法区分 1,I,l ,肉眼应该是分辨能力好一点吧,就是很浪费时间,100个基因名字,手打也需要几分钟!

最后就是绕一个远路,下载RNA-seq测序数据,在 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE91384

走RNA-seq上游分析流程拿到表达矩阵,然后走下游差异分析流程,定位到:55 upregulated genes and 40 downregulated genes with P values of ?0.05 and ?2-fold changes in expression

GSM2422342    HOK16B_Ctl #1 (mRNA)
GSM2422343    HOK16B_Ctl #2 (mRNA)
GSM2422344    HOK16B_Ctl #3 (mRNA)
GSM2422345    HOK16B_Ctl #4 (mRNA)
GSM2422346    HOK16B_VLV #1 (mRNA)
GSM2422347    HOK16B_VLV #2 (mRNA)
GSM2422348    HOK16B_VLV #3 (mRNA)
GSM2422349    HOK16B_VLV #4 (mRNA)

文章是:Virus-Like Vesicles of Kaposi’s Sarcoma- Associated Herpesvirus Activate Lytic Replication by Triggering Differentiation Signaling

本文分享自微信公众号 - 生信技能树(biotrainee),作者:生信技能树

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原始发表时间:2020-05-01

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