WGCNA的TOM矩阵热图配色问题

我在生信技能树多次写教程分享WGCNA的实战细节，见：

• 一文看懂WGCNA 分析(2019更新版)
• 通过WGCNA作者的测试数据来学习
• 重复一篇WGCNA分析的文章（代码版）
• 重复一篇WGCNA分析的文章（解读版）（逆向收费读文献2019-19）
• 关键问题答疑：WGCNA的输入矩阵到底是什么格式

其中有一个是“老米”投稿：手把手10分文章WGCNA复现：小胶质细胞亚群在脑发育时髓鞘形成的作用 , 里面是有TOM矩阵热图，就是配色很奇怪。所以经常有人询问这个问题：

奇怪的配色

但是官网配色是：

官网配色

首先，这个差异其实并不重要，当然了这个TOM矩阵热图本身就可有可无，仅仅是因为教程里提到了而已，大部分情况下，就是凑图。

再说，这个配色问题，跟WGCNA没有关系，是R语言技巧罢了。或者说是搜索技巧：

• https://www.biostars.org/p/394615/#394743

简单的配色代码即可解决：

TOMplot(plotTOM, geneTree, moduleColors, main = "Network heatmap plot, all genes", col=gplots::colorpanel(250,'red',"orange",'lemonchiffon'))