R语言公益课程之基础绘图

我在生信技能树公众号发的《生信分析人员如何系统入门R(2019更新版)》给初学者的六步系统入门R语言，知识点路线图如下：

• 了解常量和变量概念
• 加减乘除等运算（计算器）
• 多种数据类型（数值，字符，逻辑，因子）
• 多种数据结构（向量，矩阵，数组，数据框，列表）
• 文件读取和写出
• 简单统计可视化
• 无限量函数学习

考虑到有几个细节知识点大家自学会有一点困难，我们生信技能树团队恰好有时间，就做几次公益授课，带领大家一起学习哈。已经有的一个是：免费Linux直播培训 ，带领了五百多朋友购买了云服务并且成功使用了，现在进去，还是可以看录播的，里面也有我整理的很多Linux学习资料哈！

我们还有一个《R语言公益课程之基础绘图》，虽然说绝大部分入门了R语言的朋友，都实际上根本不需要使用R语言的base函数绘图。但是其实这个绘图本身，也是可以有很多玩法。

课程需要的基础知识

需要自行看配套书籍《R语言之书》，理解下面的4个知识点单元：

• 了解常量和变量概念
• 加减乘除等运算（计算器）
• 多种数据类型（数值，字符，逻辑，因子）
• 多种数据结构（向量，矩阵，数组，数据框，列表） 差不多是需要把下面的400行代码在R里面运行一遍，理解它：
• https://github.com/jmzeng1314/5years/blob/master/learn-R/tasks/1-guozi-400.R

课程主要的内容

就是我在生信五周年演讲素材给出来了600行的基础绘图练习代码：https://github.com/jmzeng1314/5years/blob/master/learn-R/tasks/2-chunjuan-600.R

dev.new()新建画板 
plot()绘制点线图,条形图,散点图. 
barplot( ) 绘制条形图 
dotchart( ) 绘制点图 
pie( )绘制饼图. 
pair( )绘制散点图阵 
boxplot( )绘制箱线图 
hist( )绘制直方图 
scatterplot3D( )绘制3D散点图. 
低级绘图函数: 
par()　可以添加很多参数来修改图形 
title( )　添加标题 
axis( )　调整刻度 
rug( )　添加轴密度 
grid( )　添加网格线 
abline( )　添加直线 
lines( )　添加曲线 
text( )　添加标签 
legend()　添加图例

上面提到的这些函数基本上都有一系列的绘图参数(坐标轴、图例，颜色，性状，大小，空白，布局) ， 非常繁琐，想掌握，花费的时间会非常多，大部分人直接跳到ggplot的绘图世界了，不想搞那么多底层绘图代码。但是我看过一个底层R绘图集大成者，就Combining gene mutation with gene expression data improves outcome prediction in myelodysplastic syndromes文章的作者的github里面有。