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如何在 Pycharm 中高效使用 R 语言 (图文详解)

相信大家学习生信的时候,都会或多或少使用 R 语言来处理生信问题。而几乎提到 R,就会用到 Rstudio 作为开发工具。

然而,武林中还有一款可以撼动 Rstudio 江湖地位的开发工具:Pycharm。

有意思的是, Pycharm 的制作公司 Jetbrains,同时也做了AndroidStudio,一款用来做手机安卓应用的官方开发工具,包括你现在看的微信,部分功能也是用他家的产品实现的。

对于我们做生信项目来说,Pycharm 除了支持 R语言的编写调试外,还可以将 R,Python,Shell,甚至 snakemake 等放在同一工具里编写,并分别支持它们各自的语法高亮和调试。同时支持项目管理,多人协作,版本控制和远程编辑调试,省心又省力。

现在放张图看看在 Pycharm 中使用 R 语言,是不有内味了:

下面我们来进行配置:

1

材料

Pycharm 专业版

R-3.6.3

R Language for IntelliJ

2

安装

如果部分软件已经安装完成跳过即可,但需要注意路径配置和版本问题。

1

Pycharm 安装

  1. 下载:

https://www.jetbrains.com/pycharm/download/#section=windows

  1. 一路 Next
  1. 配置路径

如果有固态硬盘,最好把 Pycharm 放到对应盘符,可以显著提升打开和响应速度

  1. 选择创建 64 位快捷方式和加入环境变量
  1. 一路 next 打开 Pycharm

如果之前安装过选 1,如果是第一次安装选择2

  1. 选择Evaluate for free

试用期限是30天,支持正版的话可以去买激活码,账号激活,网上商城就有,自行搜索

  1. 完成安装
  1. 如果是第一次安装,字体会很不舒服,Ctrl+Alt+S 打开设置,修改如下
  1. 修改界面主题

Pycharm 安装完成

2

R 安装

  1. 进入https://cran.r-project.org/mirrors.html
  2. 选择清华的TUNA镜像
  1. 根据需要选择下载,以windows下载为例
  1. 选择base
  1. 点击下载
  1. 开始安装:确定
  1. next
  1. 选安装目录时候,需要注意没必要安装在C盘,后续安装包会占用资源。建议在其他盘创建目录,然后以R版本号命名的方式安装R。

比如我在E盘下的R目录:

  1. next
  1. next
  1. Finish,安装完成

3

插件安装

这里提供两种方式:

第一种:

  1. 下载插件:

https://plugins.jetbrains.com/plugin/6632-r-language-for-intellij

  1. 解压,根据不同的系统执行安装文件:

第二种:

  1. 进入设置
  1. 点击Plugins,搜索 R Language for IntelliJ,安装

3

新建 R 项目

  1. 新建项目
  1. 第一次创建项目,Pycharm 先构建索引,这个过程比较耗时
  1. 画张图看看,是不是有那味了

Ctrl + Enter 分步执行 点击左上角三角全部执行,虫子来debug

library(ggplot2)
rm(list = ls())
dat <- data.frame(
  time = factor(c("Lunch","Dinner"), levels=c("Lunch","Dinner")),
  total_bill = c(14.89, 17.23)
)
dat
ggplot(data=dat, aes(x=time, y=total_bill, fill=time)) +
    geom_bar(stat="identity")

4

新建R文件及其头信息设置

  1. 进入File -> Settings设置
  1. 新建 R 文件
  1. 如果设置过头信息,新建文件就像这样

5

R包管理工具

  1. 搜索已安装 R 包,查看版本等信息

1). 这个包的帮助及介绍信息

2). 链接到 R 包官网

3). 卸载包

  1. 安装包

6

使用 R Markdown

什么是 R Markdown:https://rmarkdown.rstudio.com/

  1. 新建 RMarkdown 文件
  1. 如果没有到检测到插件,可以点击弹出窗口的Install

大功告成,试试新的 R 开发环境吧

本文分享自微信公众号 - 生信菜鸟团(bio_123456789),作者:白墨

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2020-04-30

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