相信大家学习生信的时候,都会或多或少使用 R 语言来处理生信问题。而几乎提到 R,就会用到 Rstudio 作为开发工具。
然而,武林中还有一款可以撼动 Rstudio 江湖地位的开发工具:Pycharm。
有意思的是, Pycharm 的制作公司 Jetbrains,同时也做了AndroidStudio,一款用来做手机安卓应用的官方开发工具,包括你现在看的微信,部分功能也是用他家的产品实现的。
对于我们做生信项目来说,Pycharm 除了支持 R语言的编写调试外,还可以将 R,Python,Shell,甚至 snakemake 等放在同一工具里编写,并分别支持它们各自的语法高亮和调试。同时支持项目管理,多人协作,版本控制和远程编辑调试,省心又省力。
现在放张图看看在 Pycharm 中使用 R 语言,是不有内味了:
下面我们来进行配置:
1
材料
Pycharm 专业版
R-3.6.3
R Language for IntelliJ
2
安装
如果部分软件已经安装完成跳过即可,但需要注意路径配置和版本问题。
1
Pycharm 安装
https://www.jetbrains.com/pycharm/download/#section=windows
如果有固态硬盘,最好把 Pycharm 放到对应盘符,可以显著提升打开和响应速度
next
打开 Pycharm
如果之前安装过选 1
,如果是第一次安装选择2
Evaluate for free
试用期限是30天,支持正版的话可以去买激活码,账号激活,网上商城就有,自行搜索
Ctrl+Alt+S
打开设置,修改如下Pycharm 安装完成
2
R 安装
base
确定
next
比如我在E盘下的
R
目录:
next
next
Finish
,安装完成3
插件安装
这里提供两种方式:
第一种:
https://plugins.jetbrains.com/plugin/6632-r-language-for-intellij
第二种:
Plugins
,搜索 R Language for IntelliJ
,安装3
新建 R 项目
Ctrl + Enter
分步执行 点击左上角三角全部执行,虫子来debug
library(ggplot2)
rm(list = ls())
dat <- data.frame(
time = factor(c("Lunch","Dinner"), levels=c("Lunch","Dinner")),
total_bill = c(14.89, 17.23)
)
dat
ggplot(data=dat, aes(x=time, y=total_bill, fill=time)) +
geom_bar(stat="identity")
4
新建R文件及其头信息设置
5
R包管理工具
1). 这个包的帮助及介绍信息
2). 链接到 R 包官网
3). 卸载包
6
使用 R Markdown
什么是 R Markdown:https://rmarkdown.rstudio.com/
Install
大功告成,试试新的 R 开发环境吧