shiny学习（一）

生信编程日常

发布于 2020-05-18 15:46:57

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发布于 2020-05-18 15:46:57

文章被收录于专栏：生物信息学、python、R、linux生物信息学、python、R、linux

Shiny是一个R软件包，可很方便的从R直接构建交互式Web应用程序。

首先是安装Shiny软件包

install.packages("shiny")

Shiny有11个内置的演示例子来讲解Shiny的工作流程，如01_hello：

library(shiny)
#直接展示内置的实例
runExample("01_hello")

这个直方图在左侧有一个可以调整bins个数的滑条，当用户滑动选择bins的数目时，图表也随即产生变化，这样实现了一个交互式的过程。

Shiny apps的构成

Shiny apps包含一个R script即app.R,位于某个目录下如(newdir/),app可以通过函数runApp("newdir/app.R")运行。

app.R 包括三部分:

1.a user interface object 2.a server function 3.a call to the shinyApp function 即：1.用户界面（ui）object 控制应用程序的布局和外观。2.server function包含构建应用程序所需的说明。3.最后，shinyApp function通过ui和server创建Shiny应用程序对象。

以Hello Shiny为例

1.ui：（Hello Shiny示例的ui对象）

library(shiny)

# Define UI for app that draws a histogram ----
ui <- fluidPage(

  # App title ----
  titlePanel("Hello Shiny!"),

  # Sidebar layout with input and output definitions ----
  sidebarLayout(

    # Sidebar panel for inputs ----
    sidebarPanel(

      # Input: Slider for the number of bins ----
      sliderInput(inputId = "bins",
                  label = "Number of bins:",
                  min = 1,
                  max = 50,
                  value = 30)

    ),

    # Main panel for displaying outputs ----
    mainPanel(

      # Output: Histogram ----
      plotOutput(outputId = "distPlot")

    )
  )
)

2.server：（Hello Shiny示例的server功能）

# Define server logic required to draw a histogram ----
server <- function(input, output) {

  # Histogram of the Old Faithful Geyser Data ----
  # with requested number of bins
  # This expression that generates a histogram is wrapped in a call
  # to renderPlot to indicate that:
  #
  # 1. It is "reactive" and therefore should be automatically
  #    re-executed when inputs (input$bins) change
  # 2. Its output type is a plot
  output$distPlot <- renderPlot({

    x    <- faithful$waiting
    bins <- seq(min(x), max(x), length.out = input$bins + 1)

    hist(x, breaks = bins, col = "#75AADB", border = "white",
         xlab = "Waiting time to next eruption (in mins)",
         main = "Histogram of waiting times")

    })

}

3.shinyApp：最后运行时用shinyApp将ui和server结合

shinyApp(ui = ui, server = server)

Shiny App的保存

每个Shiny应用程序都具有相同的结构：app.R包含ui和的文件server。可以通过创建新目录并在其中保存app.R文件来创建Shiny应用程序。如：将ui,sever,runApp这三部分代码保存test/App目录下的testApp.R里。为了与之前的代码区分，我改了一下颜色和title，保存后，重新运行