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python读写json文件

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生信修炼手册
发布2020-05-18 15:50:04
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发布2020-05-18 15:50:04
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文章被收录于专栏:生信修炼手册生信修炼手册

json是互联网文本传输的标准格式之一,本质是字典和列表的组合, 内容示意如下

代码语言:javascript
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{
    "summary": {
        "before_filtering": {
            "total_reads":48153902,
            "total_bases":7223085300,
            "q20_bases":7065592756,
            "q30_bases":6780360345,
            "q20_rate":0.978196,
            "q30_rate":0.938707,
            "read1_mean_length":150,
            "read2_mean_length":150,
            "gc_content":0.466978
        },
        "after_filtering": {
            "total_reads":47888586,
            "total_bases":7160081698,
            "q20_bases":7020377651,
            "q30_bases":6741810096,
            "q20_rate":0.980488,
            "q30_rate":0.941583,
            "read1_mean_length":149,
            "read2_mean_length":149,
            "gc_content":0.46685
        }
    } 
}

上述文件截取自fastp软件产生的json输出结果,最外围是一个字典,而字典的值既可以是基本的数据类型,比如数值,字符串,又可以是列表,字典等数据结构,相互嵌套,就构成了整个json文件。

对于json文件的读写,也称之为json的编码和解码。所谓解码,就是将文字格式的json转换为编程语言中的对象,编码则相反,将编程语言中的对象转换为json格式的字符串。

在python3中,可以通过内置模块json来读写json格式的文件,解码对应load函数,编码对应dump函数,用法如下

1. 读取json文件

代码语言:javascript
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>>> with open('fastp.json') as f:
...     a = json.load(f)
...
>>>
>>>
>>> type(a)
<class 'dict'>

解码之后,用字典来存储json的内容,要访问其中的值,采用字典的key来访问即可,用法如下

代码语言:javascript
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>>> a['summary']['before_filtering']['read1_mean_length']
150

2. 写入json文件

代码语言:javascript
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>>> with open('out.json', 'w') as f:
...     json.dump(a, f)
...

采用python来读写json文件,真的可以说是非常简单了,两行代码即可搞定。

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原始发表:2020-05-14,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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