alona是一个基于网络的生物信息学服务,旨在分析单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据。该服务使用一些最流行的scRNA-seq算法执行处理、分析和可视化。使用来自PanglaoDB的标记基因将细胞注释成细胞类型。用户也可以提供自己的标记基因,而不是使用默认的标记基因。处理后的数据可以通过基于JavaScript的直观web界面进行探索。
alona工具官网:https://alona.panglaodb.se/index.html
1.alona的工作流程
2.输入的数据文件
只需要一个以基因为行、以细胞为列的基因表达矩阵。单个细胞的基因表达矩阵通常很大,因为通常要取样数千个细胞。该矩阵是一个纯文本文件,具有任意文件名,并且必须使用zip、gzip、bzip2或xz进行压缩。对应的压缩必须使用正确的文件名扩展名(即zip表示zip, gz表示gzip, bz2表示bzip2, xz表示xz)。
简单的来说,你只需要准备一个以基因为行、以细胞为列的基因表达矩阵,选择注释细胞类型的标记基因文件,自己准备,也可以利用来自PanglaoDB的标记基因,程序运算后会得到分析结果,这有点类似免疫细胞浸润的CIBERSORT工具。
参考文章:Oscar Franzén, Johan L M Björkegren, alona: a web server for single cell RNA-seq analysis, Bioinformatics, , btaa269, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa269
官方手册:
https://github.com/oscar-franzen/alona/tree/master/preprocessing_tutorial
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