alona：一个用于单细胞RNA-seq分析的web工具

alona是一个基于网络的生物信息学服务，旨在分析单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据。该服务使用一些最流行的scRNA-seq算法执行处理、分析和可视化。使用来自PanglaoDB的标记基因将细胞注释成细胞类型。用户也可以提供自己的标记基因，而不是使用默认的标记基因。处理后的数据可以通过基于JavaScript的直观web界面进行探索。

alona工具官网：https://alona.panglaodb.se/index.html

1.alona的工作流程

2.输入的数据文件

只需要一个以基因为行、以细胞为列的基因表达矩阵。单个细胞的基因表达矩阵通常很大，因为通常要取样数千个细胞。该矩阵是一个纯文本文件，具有任意文件名，并且必须使用zip、gzip、bzip2或xz进行压缩。对应的压缩必须使用正确的文件名扩展名(即zip表示zip, gz表示gzip, bz2表示bzip2, xz表示xz)。

简单的来说，你只需要准备一个以基因为行、以细胞为列的基因表达矩阵，选择注释细胞类型的标记基因文件，自己准备，也可以利用来自PanglaoDB的标记基因，程序运算后会得到分析结果，这有点类似免疫细胞浸润的CIBERSORT工具。

参考文章：Oscar Franzén, Johan L M Björkegren, alona: a web server for single cell RNA-seq analysis, Bioinformatics, , btaa269, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa269

官方手册：

https://github.com/oscar-franzen/alona/tree/master/preprocessing_tutorial