前往小程序,Get更优阅读体验!
立即前往
首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
社区首页 >专栏 >医疗图像分割结果的3D可视化

医疗图像分割结果的3D可视化

作者头像
Minerva
修改2020-05-23 11:16:17
8.7K0
修改2020-05-23 11:16:17
举报
文章被收录于专栏:Python编程和深度学习

1.1 Dicom 数据

Dicom文件包含了诸多的元数据信息(比如像素尺寸,每个维度的一像素代表真实世界里的长度),Dicom文件即文件后缀为.dcm的文件。

每个CT扫描的病例(case)可以包含几十到上百个dcm文件,想要可视化查看CT文件,以开源免费软件ITK-SNAP为例,直接将该case文件夹里的其中一个dcm拖进软件,可以看到这个CT扫描文件有134个dcm文件,每个slice大小为512 x 512,组成大小为512 x 512 x 134的3D数据。

点击Next

可以看到Voxel spacing = 0.597656 x 0.597656 x 2.5 和Origin = -145.5 x -158.2 x -356.2,CT数据的spacing是三个坐标轴中像素的间距,点击Finish既可以看到完整的CT图像。

可以使用Python的dicom依赖包来读取dicom数据dicom.read_file(‘a.dcm’)

1.2 mhd格式

每个病人一个mhd文件和一个同名的raw文件的格式,mhd即meta header data,数据头部信息,raw存储了像素信息,同样可以用ITK-SNAP软件打开。

一个mhd通常有几百兆,对应的raw文件只有1kb。mhd文件需要借助python的SimpleITK包来处理。

import Simple ITK as sitk

itk_img = sitk.ReadImage(‘a.mhd’)

img_array = sitk.GetArrayFromImage(itk_img)

1.3 NIfTI格式

标准NIfTI图像的扩展名是.nii,包含了头文件及图像资料。由于NIfTI格式和Analyze格式的关系,因此NIfTI格式也可使用独立的图像文件(.img)和头文件(.hdr)。单独的.nii格式文件的优势就是可以用标准的压缩软件(如gzip),而且一些分析软件包(比如FSL)可以直接读取和写入压缩的.nii文件(扩展名为.nii.gz)。

NIfTI格式的nii数据同样可以用ITK-SNAP软件打开,在python中同上采用SimpleITK包来处理。

2.3D可视化

由于ITK-SNAP的展示界面不够立体直观,可以借助paraview来展示我们的分割结果。

将分割好的.img或.nii文件拖到ITK-SNAP页面

将刚才的文件再次拖到ITK-SNAP页面,以分割图像模式加载

点击update即可在左下窗口显示立体分割结果

Segmentation->Export as Surface Mesh

第二项对标签分别生成方便后续选择性的展示,会给每个标签生成一个.vtk文件

打开paraview,file->open将上步生成的.vtk全部加载

1. 点Apply

2. 点想要展示的图层前面的眼睛

3. 选中想修改的图层进行设置。Solid color是单一颜色,下拉菜单里有normals可以设置炫酷的渐变

4.Opacity调透明度

5.Specular添加镜面高光效果

6.Surface可以改变展示效果

各个图层分别选中并设置,效果如下

可以鼠标控制旋转,滚轮缩放,选择性的展示想展示的部分。

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划,分享自微信公众号。
原始发表:2019-11-07,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

本文分享自 Python编程和深度学习 微信公众号,前往查看

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划  ,欢迎热爱写作的你一起参与!

评论
登录后参与评论
0 条评论
热度
最新
推荐阅读
相关产品与服务
图像处理
图像处理基于腾讯云深度学习等人工智能技术,提供综合性的图像优化处理服务,包括图像质量评估、图像清晰度增强、图像智能裁剪等。
领券
问题归档专栏文章快讯文章归档关键词归档开发者手册归档开发者手册 Section 归档