专栏首页liu_ll的生信学习笔记#干货!# WashU genome browser hic数据导入

#干货!# WashU genome browser hic数据导入

这个基因组浏览器:https://epigenomegateway.wustl.edu/ 爱了爱了!


如何才能做出科研大佬们文章中的这种图呢? 这个图是想看在anchor附近的是否存在CTCF 等ChIP-seq的信号富集情况:

Hnisz D,et al. Science, 2016.

其实还有一种,结合Hic的结果去看,其实hic的结果是可以直接导入这个浏览器中看的,但是因为网络原因,上传十分不给力。而且一不小心就会卡掉,需要重新加载数据(其实,只有非常小的概率才可以把一个很大的本地的.hic的文件上传,并且可视化)

如果想通过这个基因组浏览器去看本地的hic数据有什么办法? 这里介绍一个神器: https://user.cyverse.org/

cyveser

这个相当于一个文件的ftp中转站,可以上传数据(ChIP-seq , Hic数据)

然后去washU 的基因组浏览器界面导入hic等数据,进行可视化


第一步:注册用户

点击图标

文件上传1

文件上传2

文件上传3

第二步:文件上传后,可视化 生成URL: 点击文件名后面的3个点:然后生成URL链接

URL

点击TRACK ---> Remote track------->粘贴链接,并且输入文件的格式,并且命名-------->submit

done! 可视化结果: 此外,可以去加载encode 数据一起看,进行数据对比! 如下图: ps:在最低下是我call 的loop 不是hic的文件

结果

Ref: 1:Hnisz D, Weintraub A S, Day D S, et al. Activation of proto-oncogenes by disruption of chromosome neighborhoods[J]. Science, 2016, 351(6280): 1454-1458. 2:http://wiki.wubrowse.org/Track_hosting


感谢小可爱能看到最后,一起加油!

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