中使用spaa计算生态位宽度。本文介绍一下。这个包2016年被提交到CRAN上。现在被引了13次。 前文: indicspecies:计算物种与样本之间关系的强度与生态位宽度 介绍过通过资源使用情况来计算生态位宽度的方法。
library(spaa) #用于分析物种关联和生态位重叠。
?spaa
#### Niche width and niche overlap
data(datasample)
#niche.width计算生态位宽度
niche.width(mat, method = c("shannon", "levins"))
#mat:列为物种,行为样本
#method:计算方法
niche.width(datasample[,1:3], method = "shannon")
Castanopsis.eyrei Schima.superba Rhododendron.ovatum
1 2.003976 1.94466 1.776253
#每两个物种之间生态位的重叠
niche.overlap(mat, method = c("levins", "schoener",
"petraitis", "pianka", "czech", "morisita"))
niche.overlap(datasample[,1:3], method = "levins")
Castanopsis.eyrei Schima.superba
Schima.superba 0.9206029
Rhododendron.ovatum 0.9473341 0.7721003
#niche.overlap.boot也是计算生态位重叠,只是增加了bootstrap值,用法一样。
看完我都震惊了。计算生态位的方法竟然没有写每个方法具体怎么算的。 机智的我发现了函数说明中的Reference写的是张金屯的数量生态学,于是找到书查了一下,果然计算方法都在书里。太过复杂我就不写了,想了解的读者可以在公众号回复:数量生态学,下载电子书,在第八章,请自行阅读~~~