最新工具Galaxy mothur Toolset (GmT) ——Galaxy平台整合Mothur分析流程

GigaScience是华大基因和生物医学中心共同创办的生物学期刊，2012年7月正式发行。目前IF：7.267

GigaScience在上个月28号出了一篇文章，将Mothur分析16S扩增子的全套流程整合到了Galaxy平台上，推出一个新工具Galaxy mothur Toolset。

由于Mothur (https://www.mothur.org) 在命令行中操作，需要一定的代码基础；而Galaxy (https://galaxyproject.org/) 具有良好的操作界面。作者将125+Mothur工具整合进Galaxy，并与第三方可视化软件集成GmT，同时具有两者的优势。并利用MiSeq standard operating procedure (SOP) data set (https://www.mothur.org/wiki/MiSeq_SOP) 进行了测试。

其基本流程如下：

Github网址：

https://github.com/erasmusmc-bioinformatics/galaxy-mothur-toolset

最下面的Training点进去有非常详尽且贴心的教程。

其实这个工具就是把命令行操作转换为点鼠标，对不懂代码的人可能会更友好一点。了解Mothur及16S分析的人对上述流程应该很熟悉，大胆推测一下使用该工具应该还是小白居多。

由于我觉得没必要再安装并详细体验该工具，此文完~

当然感兴趣的同学可以自己进一步研究测试。点阅读原文直达github。

一个环境工程专业却做生信分析的深井冰博士，深受拖延症的困扰。想给自己一点压力，争取能够不定期分享学到的生信小技能，亦或看文献过程中的一些笔记与小收获，记录生活中的杂七杂八。