文献——Mantel test的改进

Journal：Methods inEcology and Evolution

First published: 21 December 2018

Link:http://sci-hub.tw/https://besjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/pdf/10.1111/2041-210X.13141

Mantel tests和Partial Mantel tests广泛应用于生态学研究中，用于比较两矩阵间的显著性。但是近期研究表明矩阵的空间自相关性（autocorrelation）会增加I类错误的概率。即当矩阵存在空间自相关性，两矩阵之间的关系可能被高估。

为了评估空间自相关性对Mantel检验的影响，作者基于空间约束随机化方法建立了一套新流程如下图，并利用模拟研究评估新流程的效果。结果表明自相关性随着变量数量的增加而增加，且随着样本数量的增加而减小。新的流程可以有效矫正I类错误的概率，并提升Mantel检验的准确性。

Figure 1: 一张看上去很复杂的流程图

—END—

文章中推导了一大堆公式，并证明了该方法更好。但是并没有给出使用新方法的简便手段。这种方法学的文章，授人以鱼却不授人以渔。所以嘛，这种文章看看就好，该用Mantel还得用。

一个环境工程专业却做生信分析的深井冰博士，深受拖延症的困扰。想给自己一点压力，争取能够不定期分享学到的生信小技能，亦或看文献过程中的一些笔记与小收获，记录生活中的杂七杂八。