Mothur_rarefaction

之前一直没注意平台上的Rarefaction是怎么做的，看了一下用的是Mothur。本文mark一下Mothur做rarefaction的方法。

主要有两个命令：rarefaction.single和rarefaction.shared。

rarefaction.single 可以对单个和多个样本分析，做的是每个样本内部进行重抽的稀释曲线。重抽的序列间隔用参数freq表征。freq=1000表示每隔1000条序列重抽一次。

iters参数为迭代次数，默认1000次。最终结果实际上是1000次的平均值。迭代次数和程序运行时间为线性关系。

calc参数可计算多种多样性指数，如calc=chao计算Chao1。calc=sobs-chao-ace计算稀释曲线，Chao1及ACE。

abund参数控制着每个OTU最小保留reads数的cutoff。如要计算ACE，此参数需要设置为10。这个参数的取值和要计算的多样性指数有关。

groupmode默认为TRUE。若为FALSE，每个样本单独生成一个结果文件。

综合命令为

mothur >

rarefaction.single(list=otu.list,calc=sobs-chao-ace, abund=10,iters=1000,freq=1000)

rarefaction.shared做的是样本间的稀释曲线。输出结果中的每一行是样本数量的不断叠加，从一个样本一直到总样本量。参数类似。

Reference

https://www.mothur.org/wiki/Rarefaction.single

https://mothur.org/wiki/Rarefaction.shared