R：qgraph初探

上文Hilldiv: 便捷的计算及可视化Hill number提到了可以直接可视化qgraph。第一次见，此文简要介绍一下。

qgraph这个包主要进行网络分析。而里面的同名函数qgraph也是最主要的函数，负责可视化网络图。由于其参数特别特别特别多，而文档中也说了大部分情况下选择默认的效果就很好。因此本文仅对特别重要的参数进行说明。其他的仅摘录参数类别。用到的时候具体再看也不晚。

先简单说一下网络的基本原理：首先计算样本之间的相关系数，这里面有很多系数可以选择，如perason,spearman等。之后要设定一个阈值，只保留相关系数大于一定阈值且有显著性的结果。最后将其可视化。

几个重要的参数： layout:控制图形布局。"circle" 把节点都化成圈。"groups"每一组作为一个圈。"spring"嵌入式的布局。 minimum：保留的最小相关系数值。默认0。设为"sig"只保留显著的相关系数。 maximum：保留的最大相关系数。

其他参数包括相关系数的计算；图形参数；输出文件参数等等。加起来有100多个。。。

示例

>install.packages("qgraph")
>library(qgraph)
>data(big5)
>data(big5groups)
>big5Graph <- qgraph(cor(big5),minimum=0.25,groups=big5groups,
                    legend=TRUE,borders=FALSE, title = "Big 5 correlations")
# Same graph with spring layout:
>qgraph(big5Graph,layout="spring")
# Same graph with different color scheme:
>qgraph(big5Graph,posCol="blue",negCol="purple")

再放一些示例文件做出的图吧，一个一个粘也挺累的。。。

本文只是知道了有这样一种方法可以画网络图，所以标题为"初探"，觉得好看想深入了解还请详细阅读说明文档。

PS：R中的igraph包也可以画网络图。