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Mobism: 检验空间尺度生物多样性的R包

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Listenlii-生物信息知识分享
发布2020-05-29 11:42:51
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发布2020-05-29 11:42:51
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之前看到一个R包,可以计算物种数量;物种-丰度分布species-abundance distribution (SAD);种内空间的聚集程度;稀释曲线;种面积关系(TAR)及距离衰减规律(DDR)等。

主要分两大块功能:对物种SAD的模拟及分析。

SAD的模拟可用的分布有12种:c("lnorm", "bs", "gamma","geom", "ls","mzsm", "nbinom","pareto", "poilog", "power", "powbend","weibull")。

帮助文档写的很清楚了。这里只放一些图形化结果。感兴趣可以自行学习。

四种分布的模拟

模拟物种在空间中的聚集

物种积累和稀释曲线

物种多样性指数可视化。绿色和蓝色为基于Shannon和Simpson的有效物种数量(Effective number of species, ENS)

代码语言:javascript
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距离衰减DDR。相似性的计算和vegdist函数的相同。
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原始发表:2019-05-12,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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