NC：全球范围内子囊菌是最优势的真菌类群

Journal: Nature communications

Published: 30 May 2019

作者针对全球235个样点进行了采样。

等等，又是235？这个数字为何如何熟悉？

看了一下之前写过的文章：

Science (1.19) ——全球土壤细菌图谱介绍汇总

ISME—土壤中未分类细菌和真菌门的全球图谱

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都是同一批人，都是同一次采样的结果！

一次采样先发Science，再发ISME，现在又一篇NC！

厉害了老哥！

看了一下通讯作者Manuel Delgado-Baquerizo的文章，内容基本全是全球尺度微生物多样性和分布，发表的杂志还都很好。大尺度就是有其天然的优势。

虽然样本一样，但是数据处理流程与时俱进，和之前的文章不同。利用SINTAX鉴定和筛选出真菌序列。UPARSE和UNOISE 两种算法在97%和100%的相似度分别聚类得到OTU。

结果表明97%和100%的相似度得到的群落overlap非常高，也证实了最近的研究结果，即cutoff的选择对真菌群落的影响比较小。

为了保证群落间有足够的overlap，并方便不同研究之间比较，采用100%的相似度得到的OTU进行后续分析。

高丰度（ITS rrNA序列中前10%丰度）；高频率（至少出现在三分之一的特定生物群系biome）；高栖息地宽度（在至少一半的生物群系中出现）的真菌被挑出作为优势物种。

结果表明采样共得到24137个真菌种系，其中83个种系(<0.1%)为优势种系，序列数占所有序列的~18%，其中大部分是子囊菌(Ascomycota)。

83个优势种系。FUNguild进行功能预测。

优势真菌在不同生境及大洲尺度上的丰度

优势真菌在湿地、森林、旱地三种生境中的网络关系。计算Spearman相关关系，并挑出r>0.40, p < 0.01的结果在Gephi中可视化。

预测的真菌在全球湿地、森林、旱地三种生境中的丰度

其余很多结果略过。

Link:

https://www.nature.com/articles/s41467-019-10373-z#Sec7