Journal: Nature communications
Published: 30 May 2019
作者针对全球235个样点进行了采样。
等等,又是235?这个数字为何如何熟悉?
看了一下之前写过的文章:
Science (1.19) ——全球土壤细菌图谱介绍汇总
ISME—土壤中未分类细菌和真菌门的全球图谱
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都是同一批人,都是同一次采样的结果!
一次采样先发Science,再发ISME,现在又一篇NC!
厉害了老哥!
看了一下通讯作者Manuel Delgado-Baquerizo的文章,内容基本全是全球尺度微生物多样性和分布,发表的杂志还都很好。大尺度就是有其天然的优势。
虽然样本一样,但是数据处理流程与时俱进,和之前的文章不同。利用SINTAX鉴定和筛选出真菌序列。UPARSE和UNOISE 两种算法在97%和100%的相似度分别聚类得到OTU。
结果表明97%和100%的相似度得到的群落overlap非常高,也证实了最近的研究结果,即cutoff的选择对真菌群落的影响比较小。
为了保证群落间有足够的overlap,并方便不同研究之间比较,采用100%的相似度得到的OTU进行后续分析。
高丰度(ITS rrNA序列中前10%丰度);高频率(至少出现在三分之一的特定生物群系biome);高栖息地宽度(在至少一半的生物群系中出现)的真菌被挑出作为优势物种。
结果表明采样共得到24137个真菌种系,其中83个种系(<0.1%)为优势种系,序列数占所有序列的~18%,其中大部分是子囊菌(Ascomycota)。
83个优势种系。FUNguild进行功能预测。
优势真菌在不同生境及大洲尺度上的丰度
优势真菌在湿地、森林、旱地三种生境中的网络关系。计算Spearman相关关系,并挑出r>0.40, p < 0.01的结果在Gephi中可视化。
预测的真菌在全球湿地、森林、旱地三种生境中的丰度
其余很多结果略过。
Link:
https://www.nature.com/articles/s41467-019-10373-z#Sec7