MER: 不同聚类阈值对群落结构影响不大

上文NC：全球范围内子囊菌是最优势的真菌类群

提到了不同cutoff对群落影响不大。此文即当时的引用。

前人研究中，不同相似度阈值得到的群落结构是否相同仍没有统一的结论。

本文从9个不同的微生物研究取得数据，以87%到99%的序列相似度聚类OTU。

DCA和GNMDS排序分析结果表明群落在不同阈值条件下相似度极高。

去除稀有物种对群落结构影响微乎其微。

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9个研究地点、尺度、类群、扩增片段、测序仪各不相同。

采用Uclust de novo的模式聚类OTU，阈值分别为87%,89%, 91%, 93%, 95%, 97%, 99%。

DCA(detrended correspondence analysis)和GNMDS(global nonmetric multidimensional scaling)在R中vegan包中进行分析。

OTU在所有序列中的丰度小于0.1%定义为稀有物种。

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不同阈值得到OTU的个数

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9个研究中的GNMDS。

每条线代表一个单独的样本，其轨迹表示不同聚类阈值(87%-99%)的位置变化。不同的样品类型以不同的颜色显示。结果表明在不同的聚类阈值下，微生物群落组成是稳定的。相比之下，在处理效果较弱或不存在处理效果的数据集中(4和7)，聚类阈值低于95%时，排序的稳定性较差。

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在此基础上，对GNMDS的第一轴和第二轴进行PCA聚类。这里取前三个研究为例。两轴内部明显聚类、轴之间明显分开表明了不同阈值对群落结构影响不大。

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将所有阈值的数据合并，并不断的降低阈值，发现一些OTU出现了合并(阈值越低标准越宽，OTU越少，自然会发生合并)。

大部分的合并都发生在稀有物种之间，及一个稀有物种和高丰度物种之间。优势种之间彼此不会发生合并。这里取前三个研究为例。

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连续去除低丰度OTUs对群落结构的影响。

X轴为稀有物种划分的阈值。

柱形图表示在给定的阈值上去除低丰度OTUs后剩余的总群落物种丰富度的比例。

垂线代表计算出的断点，在此处进一步移除OTUs会导致群落结构发生显著变化。这里取前三个研究为例。

由于群落中大部分物种为稀有物种，该图表明当移除了大部分的物种群落才会发生变化。即群落结构由优势物种决定。

研究结果表明，物种的划分对于研究群落对环境梯度的响应可能不是至关重要的。完全正确的物种划分对于准确检测群落组成中的梯度并不重要。

但是值得注意的是，对于alpha和gamma多样性，聚类阈值对群落的影响不在此文的研究范围之内。