专栏首页Listenlii的生物信息笔记RAPSearch2: 比BLAST快的多的蛋白序列比对

RAPSearch2: 比BLAST快的多的蛋白序列比对

本文介绍一个软件,2012年发表在Bioinformatics上,目前引用接近300次。

我是在一篇数据库文献里看到了这个工具。

BLAST是非常经典的比对算法,后来出现的BLAT速度能比BLAST快100倍,但是对于非常相似的序列比对,结果会丢失一部分(>20%)相似性较低的结果。RAPSearch是用于短蛋白序列相似性比对的工具,速度比BLAST快~20-90倍。但是内存占用比较大。RAPSearch结果丢失的比例<5%。

作者再次基础上又推出了RAPSearch2,内存占用较小,且速度比之前又快了2~3倍。单线程运算需要2G内存,4线程运算需要3.5G内存。

RAPSearch2地址:

http://omics.informatics.indiana.edu/mg/RAPSearch2/

Github可以下载并有使用方法:

https://github.com/zhaoyanswill/RAPSearch2

END

本文分享自微信公众号 - Listenlii(gh_1a9e56035563),作者:水岸风堤

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原始发表时间:2019-08-12

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