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LULU:自己测试一下吧~~(结果非常amazing!)

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Listenlii-生物信息知识分享
发布2020-06-01 13:39:01
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发布2020-06-01 13:39:01
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LULU的文章中使用的是植物的数据来验证其有效性。这使得该方法是否真的适用于微生物存在疑问。恰好我之前做过真菌的mock community,可以拿来验证一下~~

图是我自己数据的结果,横线为理论物种数。

每个点都是一个样本,其中红点为Uparse方法得到的OTU计算的物种数,可以看出大部分明显都高于理论物种数。

黄点为使用LULU方法之后得到的物种数。Amazing!经过了curation过程,大部分样本的物种数都十分接近理论物种数!

蓝点为Unoise方法得到的OTU计算的物种数,

黑点为使用LULU方法之后得到的物种数。Amazing!Unoise同样得到了更准确的结果。

综合来看,unoise得到的假物种更多,经过LULU后uparse的结果优于unoise。

但是也发现一些样本经过LULU处理后物种数小于理论物种数。这也表明了LULU可能将一些比较相似和共现的不同物种错误的合在一起。

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原始发表:2019-08-27,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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