写在前面
前两天我们介绍了两个和融合基因有关的数据库,其中涉及到融合基因的查找和功能预测。对于融合基因的功能的话,FusionGDB数据库主要是来分析发生融合基因之后,对于其本身功能的变化,但是对于融合基因的调控,这个数据库就没有多大的注释,所以就有了
FGviewer (https://ccsmweb.uth.edu/FGviewer) 这个数据库。所以今天我们就来介绍一下这个2020年5月发表的数据库。
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作者从dbVar和genomAD两个数据库来确定存在的融合基因内容。具体的数据库内容和每一个相关的文章,可以在Browse里面查看。
对于发表的具体文章,我们可以点击每一个链接来具体查看。
这个数据库对于融合基因从DNA水平、mRNA水平再到蛋白水平的功能都进行了注释,其中功能的注释使用的也是其他的数据库来进行预测的。这里我们来就介绍一下这个数据库到底使用了什么数据库来进行注释。
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关于数据库的使用,我们在Search里面,通过搜索两个融合基因的基因名就可以获得相关的结果。这个数据库支持多种输入方式。
例如我们输入TMPRSS2-ERG。结果是通过图形来呈现的。我们在下图可以看到前面的融合基因和后面的融合基因,同时通过图片当中的两条线来代表两个基因在什么位置融合到一起。
同时基于上述注释的数据库,分别从DNA、RNA、蛋白、致病性四个方面进行注释,我们可以点击不同的水平来定位的结果里面。
另外,这个数据库主要还是来预测融合基因基因调控的变化,对于其基因特征的变化,可以通过FusionGDB来进行查看,而且这个数据库也提供了数据库的连接。
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以上就是这个数据库的基本使用情况。通过了解数据库的背景内置数据集我们就知道数据库的结果是怎么产生的了。另外关于融合基因查询结果的影响,这个数据库介绍的文献提供一个例子,可以当中研究融合基因的参考,这个有兴趣的可以去看一下。
想要查看数据库文章的,可以点击阅读原文直达文章链接哦。